En 2006 en Botos se eliminaba una parada, aunque se mantenía el estacionamiento por jornada de nueve convoyes, entre regionales, el Talgo matinal y nocturno que enlazaba A Coruña y Madrid. En 2009 quedaba sin personal y, desde entonces, la caída ha sido imparable. Si en 2011 tenía 3.900 viajeros al año, en 2006 llegó solo a los 300. A día de hoy, Botos tiene tres servicios ferroviarios de pasajeros, según indican fuentes de Renfe. Hay un diario entre semana, entre Ourense y Santiago y en ambos sentidos. La salida de Ourense es a las 13.30 y la de Santiago, a las 17.25. El viaje dura una hora y 40 minutos. Los domingos hay dos servicios, con origen en Ourense y destino Santiago, a las 13.30 y a las 19.45 horas. Además, este tren vespertino tiene paradas facultativas los domingos durante el curso académico en Ponte Taboada y A Bandeira.
En lo que concierne a los trenes de mercancías, ninguno de ellos hace parada, sino que se limitan a circular por la vía antigua de estas estaciones. Son cinco servicios que transportan residuos, cereales, madera y cemento, tal y como reseñan desde Renfe.
