Benedicto XVI ha tenido que capear algunos de los mayores escándalos de la reciente historia de la Iglesia católica en sus casi ocho años de apostolado: los numerosos de casos de pederastia que afectan directamente a sacerdotes, obispos e instituciones católicas, y la lucha por el poder en el seno de la curia vaticana, destapada tras la filtración de cartas y documentos internos desde el mismo despacho papal. Es el llamado "caso Vatileaks", en el que, junto a las denuncias de mala gestión y corrupción, se ponía de manifiesto la pugna por la sucesión del Papa entre los partidarios del secretario de Estado con Juan Pablo II, Angelo Sodano, y los de monseñor Tarcisio Bertone, el hombre fuerte de Joseph Ratzinger. Casi nadie duda de que ambos casos han debilitado la imagen del "rottweiler de Dios" que Joseph Ratzinger se ganó en sus años al frente de la Congregación para la Doctrina de la Fe -el antiguo Santo Oficio.
El "annus horribilis" de Benedicto XVI por excelencia fue, sin duda, 2010. En ese momento se destaparon en muchos países miles de denuncias de víctimas de abusos sexuales, sobre todo a menores, por parte de miembros del clero. El Vaticano denunció una campaña para atacar al Papa a cualquier precio y subrayó que Joseph Ratzinger ha sido el Pontífice que más ha hecho contra la pederastia en la Iglesia.
Tras las decenas de casos en los Estados Unidos que dejaron en bancarrota a varias diócesis por las indemnizaciones millonarias que tuvieron que pagar, los escándalos desvelados en Irlanda cayeron como un mazazo al conocerse los "informes Ryan y Murphy", que desvelaron abusos sexuales durante décadas a cientos de niños irlandeses por parte de sacerdotes, sobre todo en la archidiócesis de Dublín de 1975 a 2004.
Ante la situación creada, Benedicto XVI llamó al Vaticano a los obispos irlandeses, les exigió que afrontaran el problema con determinación y ordenó una inspección de las diócesis implicadas, tras calificar los abusos de "crimen atroz" y, en una carta enviada a los católicos irlandeses, pidió perdón a las víctimas.Benedicto XVI, en realidad, pidió perdón en varias ocasiones y se reunió con víctimas de esos abusos durante sus viajes a Estados Unidos, Malta, Reino Unido y Australia. En Londres admitió por primera vez que la Iglesia no fue suficientemente "vigilante, veloz y decisiva" a la hora de afrontar los abusos sexuales a menores.
Para afrontar esos casos, el Vaticano puso al día el Código de Derecho Canónico e introdujo el delito de posesión de pornografía infantil por el clero. El caso más significativo fue el de la ultraconservadora congregación de los Legionarios de Cristo, que finalmente reconoció los abusos cometidos por su fundador, Marcial Maciel, que fue expulsado de "todo ministerio público" en 2006 y falleció dos años después.
Maciel logró llevar una vida pública ejemplar mientras en la oscuridad robaba, se drogaba con morfina y abusaba de menores, incluidos algunos de los hijos que tuvo con dos mujeres. Ensalzado en vida por Juan Pablo II, el papa Benedicto XVI ordenó intervenir la organización en 2010,
La respuesta del Vaticano ante el "caso Vatileaks" llegó el 16 de marzo de 2012, cuando abrió una investigación criminal por el caso de la filtración de documentos y su difusión por algunos medios de comunicación alegando "corrupción" y "mala administración" por parte de varios departamentos.
La Policía vaticana arrestó al ex mayordomo del Papa, Paolo Gabriele, "Paoletto", que fue declarado culpable del delito de robo con agravantes y que concluyó con su encarcelamiento en una celda de la gendarmería vaticana. El pasado 22 de diciembre Benedicto XVI concedió la gracia a su ex mayordomo.
Con todo, la lucha por el poder en Roma es manifiesta y se asegura que Paoletto no es el único "cuervo" de las filtraciones interesadas contra Bertone. En la Curia romana conviven dos grandes clanes enfrentados: el de los diplomáticos (la vieja guardia), y el de los "Bertonianos". El primero está formado por cardenales curiales procedentes de la carrera diplomática. Con dos capitanes: el anterior secretario de Estado, Angelo Sodano, y el prefecto emérito de obispos, Giovanni Battista Re. Los dos dominaron la curia durante el largo pontificado de Juan Pablo II. Su objetivo ha sido el secretario de Estado, Tarcisio Bertone, un salesiano sin experiencia diplomática, al que se acusa de cometer demasiados errores y de irregularidades. Temen el poder que Bertone ha acumulado en el cónclave para elegir al nuevo papa, tras los últimos nombramientos de cardenales por parte de Ratzinger. Más de la mitad de ellos del partido de Bertone.
