El consorcio Epicovigal, formado por once grupos del SERGAS y las tres universidades gallegas, colaboró en la detección de las variantes británica y sudafricana del SARS-CoV-2 enVigo; esta última, por primera vez en España. Y ahora, comienzan la secuenciación ‘rutinaria’ del genoma del virus para monitorizar la evolución de las variantes existentes, y la posible aparición de otras nuevas en Galicia. Este era uno de los objetivos principales del proyecto “Epicovigal”, que coordina el catedrático de Genética de la UVigo, David Posada y en el que ya trabajan a marchas forzadas. Tras obtener un primer conjunto de genomas del virus de toda Galicia, muestreados en los meses de diciembre y enero, buscando confirmar la presencia de variante británica, el equipo continúa.
Detectar qué linajes del virus circulan por Galicia, en distintas áreas geográficas y a lo largo del tiempo, es prioritario, inciden, no solo para detectar la aparición de variantes relevantes (por ejemplo más transmisibles, más virulentas o capaces de escapar en mayor o menor medida a la respuesta inmunológica inducida por las vacunas), sino para entender cómo y cuando se transmitió el virus, en el contexto de las medidas vigentes de salud pública en Galicia. “Solo si entendemos como evoluciona el SARS- CoV-2 podremos combatirlo de manera eficaz”, indica el coordinador de Epicovigal.
Desde el arranque del proyecto, hace cuatro meses, han recogido más de 2.300 muestras de ARN del virus en toda Galicia –obenidas de marzo a enero– por los servicios de Microbiología de los hospitales de A Coruña, Ferrol, Lugo, Santiago, Pontevedra, Ourense y Vigo.
En este sentido, Posada explica que mientras Reino Unido lleva ya más de 250.000 genomas y Dinamarca ha secuenciado un gran porcentaje de sus casos, en España aún ahora el Ministerio de Sanidad y la UE empiezan a reconocer la relevancia de la vigilancia genómica. El catedrático de la UVigo indica que Epicovigal colaborará en todo lo que pueda, pero alude el presupuesto actual los cercena (el proyecto finaliza en diciembre). Más de 40 integrantes de 11 equipos de los tres institutos de investigación sanitaria de Galicia (INIBIC, IDIS e IISGS), los siete servicios de Microbiología de los hospitales de referencia de las siete áreas sanitarias del Sergas, incluyendo también los tres singulares centros de investigación de la Xunta, las tres universidades y el Centro de Supercomputación de Galicia forman parte de este consorcio único en Galicia.
“Secuenciar el genoma del SARS-CoV-2 no es complicado pero lleva tiempo. Son 30.000 letras, lo cual es grande para un virus de ARN, pero extremadamente pequeño en comparación con los genomas con los que solemos trabajar, el genoma de una célula humana 3.000 millones de letras, que es 100.000 veces más grande”, indica Posada. Lo que sí requiere más entrenamiento es la interpretación en el contexto evolutivo, o el análisis fino de las cadenas de transmisión, capacidades que sí tiene el consorcio, en las que la multidisciplinariedad es, según su coordinador, una de sus fortalezas.
El proyecto opera tras obtener financiación del Fondo SuperaCovid, Banco de Santander, CSIC y la Axencia de Coñecemento Sanitario de la Xunta.
“Podemos controlar genómicamente la aparición de variantes peligrosas”
Epicovigal, el consorcio que coordina David Posada, se centró desde septiembre en la puesta a punto y optimización de los protocolos de secuenciación del genoma completo del SARS- CoV-2 mediante la técnica de “Illumina”. Primero en el laboratorio del Centro de Investigaciones Biomédicas. (Cinbio) en la Universidad de Vigo y, a continuación, en los servicios de Microbiología de Vigo, A Coruña y Santiago. También forma parte del consorcio el laboratorio de José Tubío en el Cimus-USC, que ya había puesto a punto la técnica de Oxford “Nanopore” en verano y que fue el primero en secuenciar un genoma de SARS- CoV-2 en Galicia.
-¿Por qué es tan importante el muestreo genómico del SARS-COV-2?.
-El análisis de los genomas del virus puede contribuir de manera significativa a esclarecer la naturaleza y origen de los brotes, identificar y ordenar las cadenas de transmisión, y en definitiva, ayudar a entender el comportamiento del virus en escenarios particulares. Monitorizarlo puede aclarar la aparición: dónde lo hizo, cómo se contagia (si lo hace más en el medio urbano o rural, por ejemplo) y, además, controlar la aparición de variantes. En su momento lo propusimos y está en los objetivos del proyecto, entre muchos otros.
-¿Qué significa secuenciación genómica en ‘tiempo real’?
-Idealmente, que lo monitoricemos día a día. Pero es complicado; el proceso es más largo y complicado que una PCR. Tenemos que hacer una secuencia y tenemos que escribir 30.000 letras. Hacerlo cada semana sería factible, pero en septiembre se acabaría el proyecto. Solo nos han dado una prórroga de tres meses, sin ampliación presupuestaria.
-El tiempo les ha dado la razón en la irrupción de nuevas variantes.
-Soy biólogo evolutivo y no me sorprende lo que está ocurriendo. Sabíamos que podía ocurrir, pero no que iba a ocurrir. Sabemos que hay algunas variantes nuevas que podrían ser más patogénicas. Pero lo importante es si la vigilancia epidemiológica nos pueden llevar a que se tomen decisiones desde el punto de vista de la salud pública.
- ¿Cree que el virus se irá atenuando o, por contra, podría recrudecerse la situación a la vista de nuevas variantes como en EE UU?
-No lo sabemos. La situación puede mejorar o empeorar, pero conviene estar preparados. La vigilancia genómica es una de las medidas importantes, no digo que la única. Y el sistema sanitario ya se ha dado cuenta de su importancia.
-Tras el comité clínico, el presidente Feijóo dijo esta semana que la variante británica ya es mayoritaria en Galicia.
-Se sabe porque la variante británica, por casualidad, se puede detectar en una técnica de PCR que estudia tres regiones y, por casualidad, es casi definitiva. Ahora hay una PCR que ya detecta la británica, la sudafricana y la brasileña. Nosotros, científicos, podemos crear un test PCR en laboratorio que identifique variantes en concreto. El genoma es como una ‘prueba final’, que tiene todas las letras del virus, pero puede haber pruebas ad hoc.
-¿Cuál es el reto futuro?
-En tanto a la entrada de la variante británica, Epicovigal ya no puede hacer nada, pero podemos seguir controlando la aparición de nuevos linajes que sean peligrosos porque se escapen a una vacuna, por ejemplo. Por eso es muy importante vigilar para que no se descotrolen variantes que podrían ser preocupantes.
