Otro de los nubarrones a los que debe hacer frente el Puerto de Marín en el futuro es la inseguridad jurídica creada por la sentencia que anula el antiguo Plan Especial del Puerto y ordena la demolición de los 300.000 metros cuadrados de rellenos que fueron construidos, según el fallo, al amparo de dicho plan. Esto es algo que se niega desde la Abogacía del Estado y el Puerto, que asegura que el plan anulado no permitió la construcción de dichos rellenos o al menos no de la gran mayoría.
Es por ello que, tras los últimos varapalos judiciales que instan al Puerto a ejecutar la sentencia sin más demora; quedan todavía varias vías judiciales abiertas que se espera puedan evitar la demolición de los rellenos. El primero es el incidente de ejecutabilidad de la sentencia planteado ante el Tribunal Superior de Xustiza de Galicia. El Puerto viene argumentando que no puede cumplir la sentencia, primero por desconocer exactamente cuáles son los rellenos a los que se refiere el fallo y, segundo, debido a que su ejecución causaría un perjuicio mayor que el no hacerlo. La segunda vía abierta es el recurso interpuesto ante el Constitucional por las empresas portuarias afectadas por la sentencia alegando indefensión.
