El abrupto inicio de la Guerra Civil puso fin a las disputas y los enfrentamientos que caracterizaron el estatus médico del Hospital desde su traspaso del Ayuntamiento a la Diputación a mediados de 1928.
Bien sabido resulta hoy sin necesidad de hurgar en heridas muy dolorosas que allí hubo vencedores y vencidos desde el primer momento. O sea que unos pagaron con sus vidas y otros ocuparon sus puestos. Todo un adelanto más que premonitorio de lo que ocurrió después, entre detenciones y depuraciones, en los demás estamentos profesionales de esta ciudad.
La situación bélica no afectó en absoluto el trabajo asistencial de la Nueva Policlínica, cuyos servicios estuvieron siempre a cargo de doctores inequívocamente derechistas y ultraconservadores.
Los doctores Celestino Fontoira, José G. Pintos, Víctor Lis, Tomás Abeigón y Manuel Fontoira, acudieron al Gobierno Civil y a la Comandancia Militar en la mañana del 16 de septiembre de 1936 para trasladar en persona un compromiso de su institución sanitaria en favor de la Cruz Roja, que acababa de reorganizarse en la llamada Zona Nacional.
"La posibilidad anunciada por la Cruz Roja -decían- de que a nuestra tierra gallega, tan pletórica de paz y rebosante patriotismo, pueda ser evacuado alguno de los héroes salvadores de España, a la búsqueda de alivio para sus heridas en este ambiente sano de tranquilidad y bienestar que el glorioso Ejército nos ha otorgado desde los primeros momentos de su bendito movimiento de salvación, nos obliga a transmitir nuestro ofrecimiento a la meritísima Junta de Defensa Nacional de Burgos".
La Nueva Policlínica puso a disposición de la causa franquista ocho camas adecuadamente equipadas, tres coches para el traslado de enfermos y un servicio de camilla. Además ofreció un equipo auxiliar de siete practicantes y enfermeras, así como su personal administrativo, director espiritual y capellán del centro. Igualmente remitió a Burgos un donativo de 1.000 pesetas procedentes de sus propios fondos.
La institución médica ofreció, en definitiva, sus medios personales y materiales para prestar asistencia facultativa, médica y quirúrgica, con arreglo a su principio fundacional de no dejar de atender a cualquier enfermo o lesionado, pobre o necesitado, de forma totalmente gratuita.
Finalizada la Guerra Civil, la Nueva Policlínica siguió funcionando, aunque de forma más menguada, bajo la dirección compartida de los doctores García Pintos, cirujano y Fontoira Peón, ginecólogo.
Tras su cierre definitivo allí se trasladó desde su sede original en la calle de la marquesa de Riestra la Casa de Socorro de la Cruz Roja, que tantos y tantos rotos y descosidos atendió. Posteriormente sus locales albergaron el primer centro asistencial de Imecosa.
