El cormorán moñudo no recupera su población como para poder abandonar su categoría de especie amenazada a pesar de su ligero ascenso de nacimientos de nuevas crías, según los datos que se publican en "El cormorán moñudo en la península ibérica. Método de censo" de SEO/BirdLife y SPEA. Este nuevo censo establece una población de 1.993 parejas en España y Portugal. Galicia, donde está catalogada como especie "Vulnerable", acumula el 75% de la población de esta ave marina, que tiene su población más extensa en la provincia de Pontevedra, donde hay censadas 861 parejas.

La población de cormorán moñudo, una de nuestras aves marinas más emblemáticas en la península ibérica, se encuentra dividida en dos subespecies, la mediterránea (Phalacrocorax aristotelis desmarestii) y la del atlántico (Phalacrocorax aristotelis aristotelis). Ambas se encuentran incluidas en el Catálogo Español de Especies Amenazadas con la categoría de "Vulnerable" sin distinción de subespecies.

La población de cormorán moñudo en España peninsular e islas Columbretes, según el censo realizado en las temporadas de cría, se establece en 1.886 parejas. Como sucedía en censos y atlas previos a este, la costa del norte contiene el grueso de la población peninsular. Es muy importante respecto al resto de comunidades la población la gallega, que acumula casi el 75% de la población, seguida de la costa asturiana que, aunque destaca también respecto al resto, solo acumula otro 10% de los efectivos reproductores de la población peninsular. El resto de comunidades no superan individualmente el 5% de las parejas detectadas.

En España, destacan las provincias gallegas, principalmente Pontevedra (861 parejas) y A Coruña (456), estas, junto con Asturias, que también supera el centenar de parejas (186 parejas), acumulan el 80% de la población peninsular de cormorán moñudo. El resto de las provincias no tienen poblaciones que lleguen a las 100 parejas.

"Como bien se desprende de la publicación de 'El cormorán moñudo en la península ibérica. Método de censo' es prioritario conocer las poblaciones de especies como esta para poder tomar decisiones en cuanto a su conservación y protección". destaca Juan Carlos del Moral, coordinador del Área de Ciencia Ciudadana de SEO/BirdLife y de dicha publicación.

En Cantabria, Comunidad Valenciana, Galicia, Murcia y País Vasco se encuentra catalogada como "Vulnerable", mientras que Asturias y Baleares solo la consideran como "De Interés Especial", Andalucía la ha incluido en su "Listado Andaluz de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial" y Cataluña no cuenta con un catálogo de protección de especies. "Estas catalogaciones autonómicas establecen la obligatoriedad de realizar censos periódicos de la población de cormorán moñudo, pues la ley obliga a censar a las comunidades aquellas especies que se encuentran incluidas en las categorías de 'Vulnerable' (censo al menos cada 6 años) o 'En Peligro' (censo al menos cada 3 años)", recuerda del Moral.

Según SEO /BirdLife, aunque existen lugares donde la población parece mostrar incremento a largo plazo, este se da en lugares con poblaciones pequeñas o muy pequeñas y en el centro de dispersión de la especie en el área peninsular (Galicia y Asturias) se registra a largo plazo un declive importante. Dado que se siguen manteniendo las mismas amenazas descritas en las anteriores evaluaciones de la especie como son algunas artes de pesca utilizadas en el Cantábrico, la población aún se encuentra lejos de los valores estimados en los censos de hace apenas dos décadas, y ya que se mantienen las expectativas de tener un declive mayor al 50% en las tres próximas generaciones, es preciso incluir a la subespecie aristotelis en la categoría de "En Peligro" en España.

En Portugal la población se compone de 101 parejas reproductoras y 29 nidos con reproducción probable, todos ellos localizados en la costa continental de Portugal y el archipiélago de Berlengas. La distribución de las especies es bastante dispersa a lo largo de la costa portuguesa, que se produce entre Peniche y Península de Sagres. Se distribuye en los cinco distritos costeros más meridionales del país, donde la costa se caracteriza por sus laderas rocosas. El archipiélago de Berlengas alberga la mayor población de cormorán moñundo en Portugal.