Algunas fuentes remontan el origen del monasterio de Santa Comba de Naves al año 888, en el siglo IX, al atribuir su fundación a Alfonso III, atendiendo a lo que decía un pergamino -ya desaparecido- consultado por Frai Benito de la Cueva en el siglo XVII, en el que aparecía referenciado el priorato. Hay otros pergaminos posteriores que también fijan su origen en el siglo IX. Documentos más tardíos referencian su funcionalidad, dependiente del monasterio de Celanova desde el siglo XII. Contaba con una comunidad de frailes, al frente de los que estaba un prior, bajo la jerarquía del abad de la villa de San Rosendo.
El monasterio de Celanova anexionó definitivamente el priorato de Santa Comba de Naves en 1513, de forma conjunta con las iglesias de Santa María de Louredo y Santo Estevo de Untes, al amparo de una bula del Papa León X.
El edificio del priorato tuvo varias remodelaciones. La primera se realizó entre los siglos XIII y XIV. En 1760 (siglo XVIII) se realizó otra reforma, en la que se fijaron muchas de las estructuras que se mantienen en la actualidad.
Setenta años más tarde quedó en desuso, tras la Desamortización de Mendizábal. Desde entonces no tuvo ningún tipo de actividad.
El priorato de Santa Comba de Naves, dependiente del de Celanova, tenía dominios desde el Concello de Ourense, a los de Amoeiro, Punxín y Maside.
