La Escuela Naval Militar recibió una auditoría externa por parte de una empresa certificadora independiente. Al disponer de certificación del Sistema de Gestión Ambiental según la norma internacional ISO 14001, todos los años debe realizar una de estas inspecciones externas además de otra interna. Cada tres años se realiza una auditoría de renovación de la certificación, la última superada en febrero de 2015.
El recinto militar fue certificado en gestión ambiental inicialmente en el año 2006 después de varios años de preparación, convirtiéndose en el primer centro de formación de oficiales que consigue esta certificación.
En estas auditorías anuales se verifican los procedimientos de gestión ambiental, tales como cumplimiento de la legislación, formación ambiental, evaluación y control de aspectos ambientales, gestión de residuos, vertidos y emisiones, objetivos ambientales anuales, seguimiento de consumos, ejercicios de emergencia, control de las operaciones, autorías internas, acciones correctivas y no conformidades.
El Sistema de Gestión Ambiental de la Escuela Naval Militar está basado en una política ambiental del centro con el compromiso de fomentar la formación y concienciación de sus alumnos, dotación y personal civil en medio ambiente; gestionar racionalmente los recursos naturales, prevenir la contaminación, cumplir la legislación y reglamentación en esta materia, el desarrollo sostenible, ahorro y eficiencia energética.
Se consigue además formar y concienciar a todos los alumnos mediante la impartición de temas como "Gestión de Residuos" o "Sistemas de Gestión Ambiental" por parte del oficial de medio ambiente y se les asesora en los trabajos de fin de grado que algunos desarrollan sobre temática ambiental.
Este centro castrense dispone de un punto limpio para almacenamiento de residuos peligrosos, procedimientos y material de contingencia anticontaminación marina, imparte conferencias para todo su personal, comunica normas ambientales a todas las empresas y proveedores que realizan actividades en el mismo, realiza ejercicios, controla sus emisiones y consumos. Todo ello para un correcto desempeño ambiental. Además dispone de una Oficina de Medio Ambiente, directamente dependiente del capitán de navío, Comandante-Director, con personal formado y amplia experiencia, desde donde se implementa el Sistema de Gestión Ambiental y se coordinan los trabajos necesarios con todos los servicios.
