El material derivado de la pesca, como las redes y los fragmentos de aparejos, era uno de los principales problemas del puerto en cuanto a la basura. La Autoridad Portuaria se sumó a varios proyectos a partir de 2009 que le permitieron reducir su presencia, así como la de otros residuos. Se enfocaron principalmente en incentivar la participación de los marineros, acción que Carlos Botana, responsable de Medioambiente, destaca como clave: "Traen la basura que se engancha en las redes, y como tienen que recogerla, se implican para no tirarla, con lo que se consigue reducir lo que se genera".
El primer proyecto fue Nada pola Borda, que consistió en un protocolo de manejo y gestión de los residuos recogidos por la flota de artes menores y la flota de litoral de Galicia. El objetivo era la eliminación física de los desechos derivados de la pesca y vigilar cuáles procedían de tierra, así como su clasificación. Finalizó en 2010 y proporcionó un dato relevante: el 45% de lo recogido resultó ser fragmentos del arte de pesca.
La siguiente iniciativa se centró en la recuperación de aparejos abandonados en los caladeros y basura del lecho marino. Durante el primer año, la flota colaboradora recogió un total de 10 toneladas de residuos del mar. Aunque este proyecto se desarrolló entre los años 2012 y 2014, el Puerto continuó con la recogida de residuos, así como con las actividad iniciada dentro del plan 3R-FISH, que incide sobre la gestión de los residuos y su valorización. El objetivo es cero basura en el mar.