El juicio por el robo del Códice puso de manifiesto el descontrol existente en la catedral de Santiago sobre sus ingresos. Aunque Manuel Iglesias, administrador del templo, había detectado "descuadres" en la caja desde 2003, no denunció la falta de dinero por "no generar alarma". De estos robos no se supo hasta que la policía halló "ingentes" cantidades de efectivo en las propiedades de Castiñeiras.
La Audiencia alude a la cuestión, al señalar que es "evidente" que la "ausencia de medidas de control tendentes a evitar las sustracciones es achacable a una clamorosa desidia", que atribuyen al administrador de la catedral. Este, señalan, siendo conocedor de los robos que se producían, "no informó a otros responsables, salvo un impreciso comentario al deán, ni adoptó medida alguna eficaz para evitarlo, ni lo comunicó a su sucesor".
Para el tribunal es "igualmente censurable" que "nada se hubiese denunciado" a la Policía respecto de esta desaparición de dinero cuando se sustrajo el Códice, "privando", entiende, a los investigadores de "una información sustancial que habría agilizado" la resolución del caso. Con todo, la Audiencia matiza que estas circunstancias, "que facilitaron la impunidad del acusado durante años", no pueden llevar a la conclusión sugerida por Castiñeiras de que "otras personas también robaban porque sobre ello no se ha practicado la más mínima prueba' .
