Una de las razones del enfrentamiento entre el Consello y Opmega está en la elección de las marcas para diferenciar el producto enviado al mercado. El reglamento del Consello Regulador y de la Denominación de Origen Protegida Mexillón de Galicia impide que puedan utilizarse nombres, logotipos o cualquier seña de identidad que lleve a la confusión del consumidor, es decir, no puede bautizarse a determinados moluscos con nada que se parezca a "Mexillón de Galicia". Sin embargo, Opmega registró "Mejillón del Mar de Galicia" y "Organización de Productores de Mejillón de Galicia", motivo por el cual el Consello presentó un contencioso pidiendo la retirada de esas marcas, máxime cuando "Mejillón del Mar de Galicia" es la distinción recomendada en el Libro Blanco de la Acuicultura.
