La Sala de lo Contencioso Administrativo del Tribunal Supremo ha resuelto que las Comunidades Autónomas puedan negar subvenciones para los colegios concertados que separen a los alumnos por sexo, partiendo de que el sistema de enseñanza mixta, en el caso de este tipo de centros, es "una manifestación o faceta más de esta competencia sobre la admisión del alumnado que corresponde a la administración educativa que financia dichos centros", es decir, la autonómica. Tras esta decisión, el Gobierno de Castilla-La Mancha mostró su satisfacción y señaló que deja claro que la enseñanza diferenciada no tiene cabida en las normas educativas. Sectores de la escuela concertada han anunciado que recurrirán el fallo.
La sentencia resuelve positivamente un recurso de casación presentado por la Junta de Castilla-La Mancha en noviembre de 2004 contra una sentencia del Tribunal Superior de Justicia de dicha autonomía (TSLC-M) que anulaba preceptos del decreto regional obre admisión de alumnos. Del mismo modo, desestima el recurso contencioso-administrativo que fue interpuesto por la Confederación Española de Centros de Enseñanza contra ese decreto de la Junta de Castilla-La Mancha sobre la administración del alumnado en los centros docentes no universitarios de carácter concertado.
La sentencia del Tribunal autonómico, ahora anulada, estipulaba, respecto al decreto aprobado por la Junta sobre centros concertados que debían anularse disposiciones del mismo, como la mención del "sexo" en el artículo en tanto en cuanto fueran aplicables a los centros concertados. Por su parte, el Supremo argumenta que ni la Ley Orgánica sobre el Derecho a la Educación (LODE) ni la Ley Orgánica de Calidad de Educación (LOCE) "reconocen a los titulares de los centros concertados el derecho a establecer en los mismos un sistema de enseñanza diferenciada como parte integrante de su derecho a la creación y dirección de centros privados".
