El Intecmar parece llamado a jugar, nuevamente, un papel decisivo para el futuro de la ría. Si finalmente se ejecuta el proyecto minero de Touro este centro asentado en el puerto vilaxoanés deberá velar por la buena salud de las aguas y sus productos. Podría hacerlo, por ejemplo, mediante su sistema de control microbiológico, cuyo objetivo principal es "asegurar la calidad de las zonas de producción de moluscos y otros invertebrados marinos, de manera que se pueda garantizar su calidad de cara al consumo humano".

La red de control microbiológico actual vigila todo el litoral gallego, para lo cual se sirve de 203 puntos de muestreo, de los que 45 están situados en bateas de mejillón, repartiéndose los restantes por todo el litoral. Se emplean como bioindicadores el mejillón de roca y moluscos infaunales, gasterópodos y equinodermos.

Al igual que puede recurrir a su departamento de Patología, cuyo objetivo es "dar cumplimiento a la legislación vigente relativa a los requisitos zoosanitarios de los animales y productos de la acuicultura, así como a la prevención y control de determinadas enfermedades de los animales acuáticos, a través de dos redes de control patológico, una para moluscos y otra para peces de acuicultura".

No menos importantes resultan el control de la contaminación química por organoclorados, con una red de muestreo formada por 65 puntos fijos -26 de ellos en otras tantas bateas de mejillón-, y el control de la contaminación por metales pesados, que con la misma red de muestreo no solo emplea el mejillón de roca como bioindicador, sino que además permite un control rutinario de los principales bancos marisqueros de almeja y berberecho.

A todo esto hay que añadir la red para el control de las condiciones oceanográficas, con 58 estaciones de muestreo -42 de ellas son oceánicas y 16, costeras- repartidas a lo largo del litoral y con frecuencia de muestreo semanal.

Pero también el control de hidrocarburos, el cual se ejerce mediante una red de muestreo compuesta por 76 puntos fijos, de los que 24 están en bateas y en los que se realizan muestreos con carácter semestral. Otros 26 puntos de seguimiento se reparten en las zonas de producción de infaunales, mientras que los restantes se distribuyen por el litoral, utilizando también el mejillón de roca como bioindicador.