Este centro religioso sufrió el paso de la historia por la Ría de Arousa. Primero el asalto de los Normandos en 844, arrasando con todas las poblaciones que encuentran a su paso, siendo Cálago una de ellas y mencionada en diversas crónicas. Y siglo y medio después, en 997, Almanzor recorre la ría camino de Santiago arrasando con todas las poblaciones y centros religiosos que encuentra a su paso, entre ellos Cálago, mencionado en las crónicas islámicas como Deyr Sonterbria, que se traduce como "monasterio de San Cibrán".

Es muy probable que la iglesia y las dependencias monásticas quedaran arrasadas en ambas incursiones, por lo que el "monasterio de Calogo" que Ramiro Muñiz dona a la Sede Catedralicia en 1114 fuese un edificio nuevo, del pleno románico y adaptado a las necesidades y estética de la época.

De aquella iglesia monástica, que pasó a ser parroquial con toda probabilidad a los largo de Baja Edad Media, solo han quedado un dibujo realizado por Ramón Fontenla en 1905 de unas piezas que se conservan a la entrada del cementerio; otro dibujo del vano del ábside; una fotografía de Zagala de 1906 (ambos pertenecientes a la "Sociedad Arqueológica de Pontevedra"), todo ello depositado en el Museo de Pontevedra. Además, el padre Nolasco Gaite dibujó la cabecera a principios del siglo XX.

La iglesia se encontraba en el mismo lugar que el actual cementerio de Vilanova de Arousa. Aun siendo el emplazamiento lógico, los libros de visitas apoyan esta teoría, ya que se deja constancia de que los vecinos se enterraban en el interior de la iglesia y debían pagar tres reales por ser inhumados en la primera fila comenzando por los pies del templo, seis por la segunda y así sucesivamente hasta llegar al altar mayor. El hecho de que repitan en varias ocasiones este mandato indica que los feligreses no solían cumplir con dicho abono. El lugar siguió siendo utilizado hasta la actualidad, dejando clara la orientación de la iglesia de Cálago.

Por otro lado, revisando los mapas aéreos realizados a los largo del siglo XX se aprecia el terreno vacío que dejó la cabecera de la iglesia una vez que sus últimas piedras cayeron al suelo, y que hasta la segunda mitad del siglo XX no debió ocuparse.

Ha quedado como testigo de su tiempo la torre-campanario de Cálago, situado a unos ciento treinta metros de la iglesia, en lo alto del conocido Castro de Cálago, donde se podía divisar la entrada de la ría y advertir de los peligros que venían por mar. Esta gran estructura de época medieval ha permanecido en buen estado de conservación hasta la actualidad como espléndido recuerdo del monasterio de Vilanova, quedando enterrados entre iglesia y torre los recuerdos del monasterio.

Durante la Edad Moderna, Cálago era el priorato del Monasterio de San Martín Pinario en la zona del Salnés, por lo que de las rentas que cobraba se quedaba son una décima parte. Estos ingresos se utilizaban para mantener al padre prior que oficiaba de cura en la iglesia, pero eran insuficientes para realizar reformas y mejoras en el templo. Debido a esto, la iglesia carecía de un buen tejado, filtraba humedades y era fría, lo que obligaba a hacer fuego en el interior de la iglesia, dañando la estructura.

La que a inicios del siglo XVI era una iglesia espléndida en tamaño y devoción, con nueve altares, el altar mayor y cuatro más a cada lado, uno de ellos en una capilla anexa al muro norte, acabó en ruina por falta de fondos. Las misas de fundación de dichos altares no se abonaban y no se tenían más ingresos que los de penas impuestas los feligreses. Así, a inicios del siglo XIX ya solo quedaban seis altares, pero la deuda del pago de sus misas de fundación. Los altares de la Magdalena, san Andrés, la Expectación, san Pedro Mártir, la Quinta Angustia y la capilla de la Concepción ya no celebraban misa, estaban en ruina y cayeron en el olvido al trasladar la parroquial a la capilla de la Pastoriza.

Todo recuerdo de la iglesia de Cálago ha quedado en una fotografía y tres dibujos que deben atesorarse para mantener la memoria viva del gran esplendor que tuvo el monasterio de San Cibrán de Cálago.