El entramado del Instituto Nóos llegó a controlar hasta dieciséis empresas. Muchas de ellas se utilizaron para evitar el pago de impuestos, dedicándose a facturar gastos entre unas y otras para aumentar los gastos y disminuir los ingresos. La más importante de todas fue la Asociación Instituto Nóos de Investigación Aplicada. Esta sociedad sin ánimo de lucro la creó Torres en 1999. Cuatro años después entraría Iñaki Urdangarín como presidente. Se formó una directiva en la que aparecían la infanta Cristina, Carlos García Tejeiro, Diego Torres y Miguel Tejeiro.

Otras sociedades que tuvieron una intervención activa en la trama fueron Shiriaimasu S. L., Nóos Consultoría Estrategia (que crearon Torres y el duque), Intuit Strategy Innovation o Virtual Strategies. La mayoría de sociedades estaban controladas por Torres y su esposa. También se utilizaron dos sociedades en el extranjero, como eran Blossomhill Asset, domiciliada en Belice, y De Goes Center For Stakeholder Management, que se constituyó en Inglaterra.

En el año 2003, antes de entrar en el instituto Nóos, Urdangarín y la Infanta Cristina constituyeron a partes iguales la empresa Aizoon. La sociedad, que según Hacienda se creó para un uso defraudatorio, fue cambiando de domicilio en los años posteriores.

El duque de Palma, al abandonar, por sugerencia de su suegro, el Instituto Nóos, emprendió otros proyectos, creando otras dos fundaciones. Se trataba de la fundación Arete y la fundación Deporte, Cultura e Integración Social. El yerno del entonces Rey ya no figuraba en la presidencia, pero mantenía el control de ambas fundaciones. A través de ellas se canalizaron el cobro de varios miles de euros que recibió el duque de Palma de empresas públicas y privadas. Urdangarín aseguró al juez Castro que nunca estuvo relacionado con estos dos proyectos. Sin embargo, el magistrado tiene muy claro que el duque era quien controlaba ambas fundaciones.