Las causas de la tragedia generan debate. El jefe adjunto del Sindicato Español de Pilotos de Líneas Aéreas (SEPLA), piloto y perito de investigación de accidentes aéreos, Agustín Guzmán, cree "muy raro" que el avión de Swiftair se estrellase por una causa meteorológica "única y exclusivamente". El experto, según declaró en la COPE, ve "prácticamente imposible" que una tormenta de arena o tradicional derribase la aeronave "por sí sola" ya que, tras 50 minutos de vuelo, se entiende que el aparato volaba "a nivel de crucero" y "sería extraño" que una tormenta de arena llegase a ese nivel.

El perito precisó que tendría que ser una tormenta normal de lluvia y, aún así, añadió que el avión estaba equipado para volar en "zonas próximas a tormentas" y que "incluso" tenía resistencia "superior" por ser un aparato más antiguo y "estar construido de manera diferente" a los actuales.

Con todo, el piloto estableció que adelantar una hipótesis ahora es "complicadísimo" y sostuvo que habrá que esperar a las investigaciones. Ya en un comunicado, el SEPLA insistió en pedir la "máxima prudencia" en las indagaciones. Pide una investigación independiente e insta a la Agencia Estatal de Seguridad Aérea (AESA) a que supervise "eficientemente" las operaciones que se realicen en los países extranjeros.