Durante veinticinco años Mendaña intentó realizar un segundo viaje para colonizar las islas Salomón. Aunque tenía la aprobación del rey, se encontró con el rechazo de las autoridades coloniales, descontentas con los resultados del primer viaje, y con la de los enemigos de su tío, Lope García de Castro, que había muerto. Fue el nuevo virrey, García Hurtado de Mendoza, quien patrocinó la nueva expedición gracias a la influencia de la mujer de Mendaña, la pontevedresa Isabel Barreto. Se embarcaron unas 400 personas, entre las que se encontraban pasajeros con sus mujeres y esclavos dispuestos a fundar una colonia.
La segunda expedición partió también del puerto de El Callao, pero debido a un error de rumbo del piloto, el portugués Quirós, pasó de largo por las Salomón.Durante diez días exploró una islas situadas al sur del objetivo llegando al archipiélado de Santa Cruz. En el transcurso de su estancia en la isla, Mendaña, enfermo de malaria, fallece el 18 de octubre de 1595. Antes de morir, nombró a su mujer gobernadora en tierra, y al hermano de esta, Lorenzo Barreto, almirante de la expedición. Pero Lorenzo muere unos días después e Isabel se encarga del mando de la expedición como "Adelantada del mar Océano".?
