“La situación en la que estamos con el COVID es única en la historia de la humanidad”

El científico evolutivo canadiense T. Ryan Gregory, profesor de la Universidad de Guelph (Ontario, Canadá), explica en esta entrevista concedida a FARO vía email qué tiene de particular la evolución de este coronavirus y qué puede pasar en el futuro. Gregory desgrana día en su perfil de Twitter (@TRyanGregory) las novedades sobre el COVID, y “traduce” a los no familiarizados con la genética los hallazgos de los investigadores y “ciudadanos científicos” otros rastreadores de variantes como Ryan Hisner (EE UU) y Federico Gueli (Italia), que considera “héroes anónimos” de la pandemia. “Sus contribuciones han sido extremadamente valiosas y, en este momento, son expertos mundiales en quienes todos confiamos para obtener información sobre la evolución actual de las variantes. Mi función ha consistido principalmente en ayudar a explicar sus hallazgos a una audiencia más general, pero son ellos quienes hacen el trabajo duro realmente importante”, asegura el biólogo, conocido por la "prueba de la cebolla" vinculada al "ADN basura": el genoma de la cebolla es, sorprendentemente, cinco veces más grande que el de los seres humanos.

–Cita del inmunólogo estadounidense Michael Mina: “El SARS-CoV-2 es un virus de libro de texto. No tiene nada de especial excepto el hecho de que los humanos no habíamos estado expuestos a él”. Supongo que no estará de acuerdo con esta idea. ¿Por qué el SARS-CoV-2 no se comporta como un virus de libro de texto?

–Si se trata de un “virus de libro de texto”, entonces los libros de texto necesitan una actualización importante. El virus en sí es diferente de casi todos los demás que conocemos por el simple hecho de que causó una pandemia mundial masiva. Además, la situación en la que nos encontramos –con un virus transmitido por el aire que afecta a muchos sistemas de órganos, infectando y reinfectando a miles de millones de seres humanos y propagándose por todo el mundo con los viajes internacionales modernos– es única en la historia de la humanidad. Algunos de los comentaristas “de manual” también parecen creer que los humanos han estado evolucionando junto con virus respiratorios como el SARS-CoV-2 durante “millones de años”, lo cual es completamente falso. Las condiciones en las que estos virus pueden transmitirse ampliamente entre los humanos (poblaciones grandes y densas que pasan la mayor parte del tiempo en interiores) son muy, muy nuevas para los humanos en términos evolutivos. Los murciélagos han evolucionado junto con estos virus durante millones de años, han vivido en densas poblaciones “en interiores” y tienen adaptaciones para lidiar con esto de manera más efectiva, pero nosotros no somos murciélagos.

–“Normalmente, los virus se vuelven menos mortales a medida que mutan, ya que esto les da más posibilidades de sobrevivir”. ¿Cuánto de esta afirmación es cierto?

–Esto es un mito. Puede suceder, pero no hay absolutamente ninguna garantía de que así sea. Los virus no tienen estrategia ni previsión: simplemente logran reproducirse o no, dependiendo de sus propias propiedades y las de sus huéspedes. Hay varias vías por las cuales un virus podría desarrollar una mayor virulencia y aun así tener éxito (especialmente si hay muchos huéspedes disponibles, gran parte de la transmisión es asintomática, los peores impactos en la salud no se manifiestan hasta meses o años después, el virus compromete la función inmune del huésped, etc). Además, deberíamos haber aprendido de la primera ómicron que un concepto unidimensional de “gravedad” (que generalmente significa cuán mortal es una variante en base a una infección) es engañoso. También está la cuestión de cuán es transmisible es y, por tanto, cuántas personas se infectarán. “Ómicron” ha sido mucho más mortal en general que otras variantes en muchas partes del mundo, principalmente porque infectó a muchas más personas. Además, “gravedad” siempre parece referirse a infecciones agudas y a si las personas morirán o terminarán en la UCI. Los impactos de la infección por SARS-CoV-2 son mucho más que eso, incluido el COVID persistente y un mayor riesgo de enfermedades cardiovasculares, neurológicas, metabólicas y de otro tipo en el futuro.

–¿Se está acelerando la evolución del SARS-CoV-2?

–Ómicron parece acumular mutaciones y ramificarse en nuevos linajes mucho más rápidamente que las variantes anteriores. En parte, esto podría deberse a las propiedades del virus en sí mismo ahora, pero también se relaciona con la gran cantidad de copias del virus que se replican y experimentan errores genéticos (mutaciones) por cambio. Las poblaciones virales muy grandes también significan que la selección natural es bastante fuerte, y ahora existe una presión selectiva para el escape inmunológico que no la había antes de que tantos huéspedes desarrollaran cierto grado de inmunidad a través de vacunas o infecciones.

–Basándonos únicamente en datos de laboratorio (infectividad reducida y un escape inmunológico modesto), uno pensaría que pirola no se hubiera propagado en absoluto y desaparecería. Pero lo encontramos creciendo y apareciendo por todas partes. Algo no cuadra. ¿Cuál es su suposición?

–Este es un tema muy debatido entre los rastreadores de variantes. De hecho, algo está pasando con BA.2.86. Podría ser que haya una fuente más grande en algún lugar que aún no ha sido detectada (lo cual no es inverosímil, dada la poca vigilancia que hay ahora), o podría estar infectando a un subconjunto específico de personas por alguna razón, o podría estar usando diferentes métodos para entrar en nuestras células, etc. Mi principal preocupación, sin embargo, no es tanto que BA.2.86 despegue, sino que ahora es claramente un linaje establecido que seguirá evolucionando. El propio BA.2.86 evolucionó dentro de un único huésped durante un período de un año, pero ahora ha cambiado a un entorno en el que está evolucionando entre huéspedes. Las mutaciones que estarán bajo selección ahora son diferentes. Por lo tanto, incluso si no es competitivo frente a los XBB existentes, ahora se encuentra bajo selección de modo que se favorezcan las mutaciones que mejoren su competitividad. La recombinación con una variante XBB existente y altamente transmisible también es una posibilidad. El XBB original no hizo mucho, y tampoco sus primeros descendientes como XBB.1, pero después de eso... XBB.1.15, XBB.1.9, XBB.1.16 y sus descendientes se volvieron dominantes globalmente. Casi todo lo que circula hoy en día desciende de XBB. Por tanto, son los descendientes de BA.2.86 (pirola) a los debemos estar atentos.

–¿Será que pirola sólo se está detectando en países que tienen cierto nivel de secuenciación y que en muchos otros pasa desapercibida?

–Es casi seguro que ese sea el caso.

–Se ha designado el primer sublinaje de pirola, BA.2.86.1, definido por do mutaciones adicionales. ¿Pueden estos nuevos descendientes del “clan pirola” volverse más transmisibles o infecciosos añadiendo más mutaciones o incluso recombinaciones con los sublinajes XBB?

–Sí. Como se señaló anteriormente, el linaje BA.2.86 está lo suficientemente establecido como para evolucionar entre los huéspedes ahora, lo que significa que la transmisión a nuevos huéspedes se realizará bajo una fuerte selección. La recombinación, que requeriría una coinfección tanto con BA.2.86 como con una variante XBB, también es una clara posibilidad. Cuanto más virus haya, mayor será la probabilidad de que desarrolle nuevas características o se recombine.

–¿El SARS-CoV-2 está “aprendiendo” nuevos trucos, como la llamada mutación “FLip”?

–Los virus no aprenden, simplemente cometen muchos errores por casualidad y algunos de ellos confieren una ventaja sobre las alternativas dentro de un contexto ambiental particular. Ese entorno –es decir, los humanos como anfitriones– está cambiando a medida que ganamos y perdemos inmunidad y alteramos (o no) nuestro comportamiento. En este momento, se predice que la combinación específica de mutaciones “FLip” conferirá una ventaja significativa en términos de escape inmunológico y unión del [receptor celular] ACE2 en el contexto del panorama de inmunidad humana y otras variantes existentes. Cuando hay mutaciones que brindan tales ventajas y muchos virus se replican y cometen errores que a veces generan tales mutaciones por casualidad, podemos esperar que esas mutaciones se vuelvan más comunes a lo largo de generaciones dentro de múltiples linajes (convergencia). Más virus significa más evolución.

–Se ha dicho que la probabilidad de otro “evento ómicron” es de alrededor del 20% en los próximos dos años.

–No estoy seguro de dónde viene esa estimación. No sé cuáles son las probabilidades, pero sí sabemos de dónde podría provenir una variante tan diferente: 1) evolución dentro de un huésped, como con la ómicron original (y BA.2.86), 2) recombinación entre linajes muy diferentes, 3) zoonosis de ping-pong (saltar de una especie no humana a humana, luego de regreso a una especie no humana donde evoluciona hasta ser bastante diferente, y luego de regreso a humanos). El número 1 parece ser el más probable, quizás también involucre al número 2, pero no sé si tenemos una buena idea de cuán probable es esto. Yo diría que es claramente posible que las tres cosas puedan suceder: BA.2.86 muestra que el número 1 todavía está sucediendo (y también hay variantes del linaje delta que aparecen en las aguas residuales), el éxito de los XBB muestra que la recombinación incluso entre linajes estrechamente relacionados puede tener un efecto importante, y un trabajo reciente sobre infecciones hacia y desde ciervos muestra que el número 3 es posible.

–¿Qué puede hacer el mundo para reducir las probabilidades de ese “evento ómicron”?

–Lo que podemos hacer para reducir el riesgo de que esto suceda es reducir las probabilidades de que ocurran esos mecanismos, lo que en todos los casos significa tener menos virus moviéndose e infectando a personas y otras especies. Eso significa mitigar la transmisión utilizando medidas a prueba de variantes como respiradores [mascarillas tipo FFP2], ventilación, filtración de aire, evitar exposiciones de alto riesgo como grandes multitudes en interiores y realizar test y quedarse en casa cuando uno esté infectado. También podría ayudar la disponibilidad de una vacuna esterilizante que prevenga la transmisión mucho más que las vacunas actuales. Menos virus significa menos evolución, significa menos posibilidades de un cambio evolutivo importante.

–Algunos científicos predicen que el SARS-CoV-2 llegará eventualmente a un estancamiento evolutivo. ¿Es eso posible?

–Hemos estado escuchando que el SARS-CoV-2 se está quedando sin espacio evolutivo desde al menos 2021. Sospecho que esto se basa en una lectura de los mismos libros de texto que dicen que los virus siempre se vuelven benignos. Obviamente, se ha demostrado que esto es incorrecto una y otra vez, y nos recuerda lo que los biólogos evolutivos conocen como “la segunda regla de Orgel: la evolución es más inteligente que tú”.

–Un científico aquí en España ha dicho que podemos estar tranquilos porque el SARS-CoV-2 probablemente no produzca serotipos [en enfermedades como el dengue, el virus se divide en serotipos, lo que significa que estas familias de secuencias de virus no compiten entre sí y pueden coexistir y escapar de la inmunidad previa]. ¿La aparición de serotipos supone un riesgo real en la evolución del SARS-CoV-2?

–Dudaría mucho en hacer tales predicciones sobre este virus. Una vez más, nos encontramos en una situación sin precedentes y las afirmaciones optimistas se han equivocado repetidamente. Además, no estoy seguro de cuán rigurosos son dichos sistemas de clasificación; parece que ya hay un debate sobre qué cuenta o no y si el SARS-CoV-2 ya incluye o no las definiciones.

–¿La mejora dependiente de anticuerpos [llamada fenómeno ADE, por el que los anticuerpos, en vez de combatir al virus, facilitan la infección y agravan la enfermedad] también es una posibilidad para el SARS-CoV-2?

–Ésta no es mi área, pero ciertamente ha sido una preocupación que los expertos han discutido bastante en la literatura científica.

–Como científico consciente del COVID, ¿qué herramientas utiliza para evitar el contagio?

–Uso mascarilla (KN95) [equivalente americana a FFP2] en interiores, utilizo un medidor de CO2 para estimar la ventilación, todavía evito exposiciones de mayor riesgo (no como en el interior de los restaurantes, pero sí disfruto de los patios al aire libre); en casa tengo cajas de Corsi-Rosenthal [filtros de aire hechos en casa con ventiladores] y he usado filtros de aire portátiles y aerosoles nasales (Enovid) cuando he viajado.

-¿Por qué es importante que ciertas subvariantes tengan apodos como “pirola”, “kraken”, “eris” o “arcturus”?

- En mayo de 2021, la Organización Mundial de la Salud (OMS) anunció un nuevo sistema formal de apodos que utiliza letras griegas para variantes importantes, por dos razones principales: evitar que las personas se refieran a lugares (por ejemplo, “la variante canadiense”) y porque las etiquetas PANGO [sistema internacional de asignación de nombres filogenéticos] ya se estaban volviendo engorrosas en las comunicaciones no técnicas. Asignaron letras griegas tanto a las variantes de preocupación (VOC) como a las variantes de interés (VOI), nombrando 5 VOC y 8 VOI durante un período de 180 días entre mayo y noviembre de 2021. No se han proporcionado nuevas letras griegas desde entonces (siendo la última “ómicron”). La OMS actualizó sus definiciones de trabajo en marzo de 2023 para no dar ya letras a las VOI ni a la nueva categoría de variantes bajo seguimiento (VUM), y degradaron “ómicron” (es decir, B.1.1.529, la variante original) a una antigua VOC. Actualmente no hay variantes preocupantes según la OMS. Vale la pena señalar que “no puede derivarse de un linaje VOC existente” nunca ha sido un criterio para obtener una nueva letra. De nuevo, cambiaron el sistema en marzo para no dar letras a las VOI, razón por la cual variantes como XBB.1.5 y XBB.1.16 no recibieron letras como lo habían hecho en el pasado.

 

Por tanto, la situación en la que nos encontramos ahora es que tenemos dos opciones oficiales cuando nos referimos a variantes importantes: o “ómicron”, que ahora incluye más de 1.700 subvariantes y recombinantes designados, o las etiquetas técnicas PANGO – que, como se señaló, se consideraron demasiado confusas en 2021, cuando la situación era mucho más simple de lo que es ahora. Hasta el verano de 2022 todavía era bastante fácil hacer referencia a etiquetas técnicas, porque la situación se basaba en gran medida en variantes individuales que causaban grandes olas (BA.1, BA.2, BA.5). Sin embargo, después de BA.5 pasó a ser una “sopa de variantes” y líneas de base elevadas en lugar de una variante/una ola. El sistema de apodos surgió en esta época para ayudar a comunicar variantes individuales dentro de ese contexto nuevo y mucho más complejo. El primer apodo informal lo sugirió otra persona en Twitter (“centaurus” para BA.2.75), y el sistema utilizado por los rastreadores de variantes llegó un poco más tarde. En agosto de 2022, sugerí que, si la OMS ya no iba a asignar letras griegas, tal vez podríamos utilizar figuras mitológicas griegas para facilitar la comunicación sobre las variantes más importantes. Varios rastreadores de variantes en Twitter utilizaron este sistema y algunos informes de los medios se refirieron a estos nombres, pero esto realmente despegó con “kraken” (XBB.1.5).

Después de "kraken", que los críticos dijeron que era demasiado aterrador, desarrollamos un sistema más claro para nombrar variantes que se basó en nombres astronómicos . El fundamento se explica en ese documento con referencia a la denominación de animales: agrupaciones de alto nivel (como “mamíferos” u “Ómicron”), nombres técnicos/de especies (como “Mus musculus” o “XBB.1.5”) y nombres comunes. para aquellos que son más importantes para nosotros y se discuten fuera de conversaciones técnicas (como "ratón" o "kraken").

El primer apodo astronómico fue hyperion (XBB.1.9*), seguido de arcturus (XBB.1.16*), y así sucesivamente. En este punto, parece que muchos medios de comunicación eligen los apodos casi inmediatamente después de que los proponemos, lo que sugiere que son realmente útiles para distinguir nuevas variantes importantes y se comunican más fácilmente que las designaciones técnicas.

Cabe destacar la muy buena correspondencia que hay entre lo que decidimos apodar y lo que la OMS considera un VUM o VOI. A veces, los apodos aparecen primero (a menudo después de unas semanas) o, a veces, la designación de la OMS aparece primero. Difícilmente estamos apodando a cada nueva variante o “gritamos que viene el lobo”, como afirman algunos críticos.

-¿Cómo se les ocurrió el término “pirola” para BA.2.86? ¿Cuántas personas estuvieron involucradas en esa decisión? ¿Tiene que ver con las letras griegas pi y ro?

-Cuando el grupo de rastreadores de variantes (incluido Shay Fleishon, que alertó por primera vez al mundo sobre la secuencia detectada en Israel, y Ryan Hisner, que luego encontró dos más en Dinamarca) decidió que BA.2.86 debería recibir un apodo, revisamos una lista de opciones astronómicas de una lista que yo había compilado previamente. JWeiland sugirió "pirola", que es el nombre de un asteroide, en parte porque podría abreviarse fácilmente a "Pi" o "Ro" si la OMS le asigna un apodo formal con una letra griega. Discutimos esta y otras opciones y decidimos que este sería un buen nombre. Anuncié el nombre el 18 de agosto y se popularizó a partir de ahí. Tenga en cuenta que esto fue un día después de que la OMS actualizara la definición de trabajo de variantes bajo seguimiento para incluir BA.2.86 como VUM [variante bajo monitorización].