Epicovigal, el consorcio que coordina David Posada, se centró desde septiembre en la puesta a punto y optimización de los protocolos de secuenciación del genoma completo del SARS- CoV-2 mediante la técnica de “Illumina”. Primero en el laboratorio del Centro de Investigaciones Biomédicas. (Cinbio) en la Universidad de Vigo y, a continuación, en los servicios de Microbiología de Vigo, A Coruña y Santiago. También forma parte del consorcio el laboratorio de José Tubío en el Cimus-USC, que ya había puesto a punto la técnica de Oxford “Nanopore” en verano y que fue el primero en secuenciar un genoma de SARS- CoV-2 en Galicia.

–¿Por qué es tan importante el muestreo genómico del SARS-COV-2?.

–El análisis de los genomas del virus puede contribuir de manera significativa a esclarecer la naturaleza y origen de los brotes, identificar y ordenar las cadenas de transmisión, y en definitiva, ayudar a entender el comportamiento del virus en escenarios particulares. Monitorizarlo puede ayudar a aclarar la su origen y evolución en un territorio: por dónde entró, dónde lo hizo, qué rápido se contagia y, además, controlar la aparición de variantes. La vigilancia epidemiológica puede y debe contribuir a las decisiones que se toman desde el punto de vista de la salud pública.

–¿Qué significa secuenciación genómica en ‘tiempo real’?

–Idealmente, que lo monitoricemos de manera continuada Pero una vigilancia de este tipo es complicada; implica bastante más tiempo que una PCR y se alarga varios días. Hacerlo cada semana es técnicamente factible, solo es cuestión de disponer del dinero necesario para personal y reactivos,

–El tiempo les ha dado la razón en la irrupción de nuevas variantes.

–Como biólogo evolutivo no me sorprende lo que está ocurriendo, que no es ni más ni menos que un proceso de adaptación del virus a su huésped. Sabíamos lo que podía ocurrir, aunque lógicamente, no lo que iba a ocurrir exactamente...

– ¿Cree que el virus se irá atenuando o, por contra, podría recrudecerse la situación a la vista de nuevas variantes como en EE UU?

–A corto y medio plazo no lo sabemos. La situación puede mejorar o empeorar puntualmente, pero debemos estar preparados. La vigilancia genómica es una manera importantes de estarlo, pero obviamente no es la única.

–Tras el comité clínico, el presidente Feijóo dijo esta semana que la variante británica ya es mayoritaria en Galicia.

–La variante británica se puede detectar mediante un kit comercial que ya existía. Se han diseñado también pruebas rápidas, PCR que detectan la británica, la sudafricana y la brasileña. El genoma es como una ‘prueba final’, que tiene todas las letras del virus, pero los genetistas sabemos diseñar pruebas más sencillas dependiendo del caso.

–¿Cuál es el reto futuro?

–En tanto a la entrada de la variante británica, ya no se puede hacer nada, pero podemos seguir vigilando la aparición de nuevos linajes que sean relevantes. Por eso es muy importante vigilar para reaccionar a tiempo e impedir la escalada de variantes más contagiosas, por ejemplo.