Además, con el traslado de determinados servicios y dependencias de trabajo del museo a los nuevos espacios, el edificio Villanueva recuperará casi 3.000 m2 útiles para la exposición de la colección permanente del Prado, lo que permitirá el desarrollo de un nuevo sistema de ordenación de las colecciones que tendrá lugar a partir de la apertura definitiva de la ampliación.
El nuevo edificio dedica una parte importante de su extensión a alojar departamentos y servicios relacionados con la conservación de las obras de la colección y el mantenimiento del edifico que las aloja.
Estos nuevos equipamientos se distribuyen en cinco de las siete plantas del nuevo edifico comunicadas internamente. El nuevo Departamento de Restauración ocupará tres plantas del edificio y contará con importantes instalaciones.
En la planta más alta se ubicará el Taller de Restauración de Pintura y Soportes y debajo las estancias concebidas para la ubicación del Gabinete de Documentación Técnica y el Laboratorio de Química. En la misma planta del nuevo edificio estará el Taller de Restauración de Escultura.
En la entreplanta de la zona de acceso, estará el Taller de Restauración de Papel y cerca de este, en la misma planta, la Unidad para el Tratamiento Digital de Imagen. Al mismo nivel que el claustro se situarán los espacios del Departamento de Dibujos y Estampas.
Por primera vez se cuenta con un muelle de carga independiente y acondicionado para la entrada y salida de obras de arte, y en la planta sótano del Edificio Jerónimos un nuevo espacio e destinará a depósito de bienes culturales del museo. El Área de Pintura constituye la zona principal del depósito, con un total de 721 m2 en planta. A estos espacios se une el Almacén de Fotografía antigua en la planta Claustro.
En cuanto a la actividad expositiva y cultural, se incrementará notablemente. Las nuevas salas de exposiciones del edificio de los Jerónimos presentarán una superficie total de 1.386 m2, distribuidos en tres grandes salas de alrededor de 400 m2 cada una, y una sala un poco más reducida, de 95 m2. Además, se contará con el espacio del claustro para la exhibición de obras escultóricas.
El Auditorio, de 402 m2, con un aforo para 438 personas, la sala de Conferencias adjunta, contribuirán a ofrecer una importante oferta cultural a los visitantes que cuando se inaugure la ampliación podrán acceder al museo por recuperada para el público puerta de Velázquez.
También se recupera la sala basilical de Villanueva como espacio de acogida, mientras que el gran vestíbulo en la conexión entre los dos edificios concentrará los principales servicios de atención al visitante (taquillas, información, guardarropas,...) así como la nueva tienda y cafetería. Todo ello en más de 2.000 metros cuadrados.
