La inauguración se complementa con una exposición temporal sobre las pinturas y su proceso de restauración, que se instalará en dos capillas laterales junto al museo del Pilar, y la edición de un libro sobre la cúpula, desde el punto de vista historiográfico y documental.

La intervención de las pinturas comenzó en torno al mes de octubre de 2005 y consistió preferentemente en la protección de las zonas inestables, la consolidación de las grietas y morteros, la eliminación de las sales, la limpieza de la película pictórica y la reintegración cromática de las pinturas.

Con esta actuación se han rescatado unas pinturas que demuestran el genio del artista y que estaban "muy dañadas", ya que habían sufrido procesos de degradación "verdaderamente preocupantes", según dijo el pasado mes de enero el director de patrimonio de la Fundación Caja Madrid, Jaime Vicente.