El anteproyecto de Portos estudia, necesariamente, el nivel de contaminación del fondo de la ría. Se hace referencia a los vertidos industriales y domésticos y se establecen tres zonas en función de sus índices de polución. La primera es una "zona altamente contaminada, que se extiende desde los alrededores de la Illa de Tambo hasta la parte media del canal. Los valores de materia orgánica en el sedimento son extremadamente altos, y los sedimentos son en general de fango. El organismo infaunal dominante es el poliqueto tubícula Telepsavus costarum. Tanto la diversidad como la diversidad relativa de especies son muy bajas, aunque la biomasa puede ser relativamente alta en algunos puntos".

Otro punto "de contaminación moderada, está situado en las orillas de la zona interna y en la prolongación del canal hasta una zona bastante exterior. El contenido orgánico en el sedimento va desde fango puro hasta fango arenoso. El organismo abundante sigue siendo Telepsavus costarum, pero también están presentes otros organismos. La diversidad todavía es baja, y la biomasa es en general pequeña".

La tercera zona "poco afectada es la formada por la parte más externa de la ría y algunas zonas de la orilla sur. El contenido orgánico es bastante bajo, y el sedimento varía entre fango arenoso, arena fangosa y arena. La diversidad y la diversidad relativa son mucho más altas. En esta zona los organismos dominantes son Lumbriconereis paradoxa, Venus striatula, Dentalium novecostatum y Amphiura chiajei. La biomasa es variable, pero por término medio es mayor que en otras zonas".

Se agrega que "en este estudio se observa que cuando aumenta la materia orgánica se produce un descenso de la diversidad específica. También hay que destacar que el vertido de sustancias orgánicas de origen industrial afecta en gran manera a la infauna bentónica, haciendo disminuir su diversidad como consecuencia de la proliferación de unas pocas especies resistentes".