El priorato de Santa Comba de Naves cuenta con protección urbanística integral, por lo que el propietario que lo ha adquirido debe presentar el proyecto de rehabilitación que pretenda acometer para que lo valoren los arquitectos de planeamiento. Posteriormente, tendrá que pronunciarse la Dirección Xeral de Patrimonio de la Xunta, que "tiene la última palabra". Pero además, el Concello de Ourense va a exigir que se realicen catas arqueológicas, por tratarse de un edificio del siglo XI, que fue reformado en el siglo XVIII, pero puede asentarse sobre estructuras y materiales anteriores, avanza el arqueólogo municipal, José María Eguileta. También se encuentra en una zona natural protegida.
A pesar de que el urbanismo en el Concello de Ourense se rige en la actualidad por el planeamiento de 1986, por medio de la normativa provisional se acoge al catálogo del PXOM de 2003, razón por la que cuenta con protección urbanística integral, como edificio religioso, pero carece de catalogación arqueológica. Sin embargo, el arqueólogo municipal aclara que va a pedir que se realicen cartas, "al existir datos del siglo XI, por lo menos".
Una vez que el comprador presente el proyecto de la actuación que pretende realizar, el Concello de Ourense emitirá un informe urbanístico, otro arqueológico y otro jurídico, que posteriormente se elevarán a la Xunta.
El conjunto cuenta con el edificio del priorato, una capilla y un palomar medio derruido dependientes del monasterio de Celanova desde el siglo XVI hasta la Desamortización de Mendizábal en 1836. Hasta esa fecha, estuvo ocupado por una pequeña comunidad de monjes -formada por cinco o seis religiosos-, al frente de los que se encontraba un prior, todos ellos dependientes del abad de Celanova. Todavía se conserva el escudo del monasterio celanovés.
En una observación previa que hizo del priorato José María Eguileta, comprobó que el edificio "conserva los muros, le falta la cubierta, presenta algún problema interno solucionable, con una reparación. La capilla tiene la bóveda y la cubierta caídas, solo conserva un trozo de una bóveda encima del ábside. Pero tiene unos sillares de muy buena calidad. La construcción es muy sólida. El priorato es como un pazo. Tiene unos balcones, con unos canzorros en la entrada".
Durante la visita, José María Eguileta también comprobó que "estaba enraizando vegetación en los muros, pero eso es solucionable", además de la gran cantidad de escombros que se acumulan en el interior, que "habrá que sacar de forma controlada, porque entre ese material pueden ir parte de las estructuras".
El priorato de Santa Comba de Naves tiene "bastante relevancia", por ser el único de estas características que se encuentra en el entorno de la ciudad de Ourense, junto al monasterio de San Francisco, que ya está integrado en pleno casco urbano.
El priorato de Santa Comba de Naves cuenta con unas "vistas espectaculares" hacia la ciudad de Ourense y el río Miño. El pareja cuenta con protección forestal.
