El nuevo archivo dejará el edificio que ocupa para asumir como sede las dependencias que rodean los dos claustros de San Francisco. Contará con salas administrativas, salas de exposiciones, salas de investigadores, reprografía, aulas pedagógicas, sala de juntas y despachos en la zona noble. Los depósitos se ubicarán en un edificio separado, en el que estaban el comedor y las habitaciones del viejo cuartel. Ferro destaca que el claustro principal, declarado BIC, "quedará siempre abierto al público", como si se tratara de una pieza independiente.
La rescisión del contrato se debe a que "la reforma que estaba ejecutando la anterior empresa no se correspondía con las necesidades del archivo. "Cortó ventanas con forjados y hacía despachos de 200 metros, que se redujeron a 50. Pero además, ganó mucho espacio el depósito: pasó de 25 a 39 kilómetros lineales".
