El Rainbow Warrior III dispone de tres plantas, sin tener en cuenta la sala de los motores. En la primera se ubican los camarotes, en la segunda la sala de estar, el comedor, almacén y sala de telecomunicaciones, mientras que en la tercera están la cabina del capitán, la sala de preparación de campañas y el puente de mando, el principal atractivo para muchos visitantes.

Allí, según explica la voluntaria Klara Saiz, siempre hay dos personas: un primero, segundo o tercer oficial y un marinero de cubierta. Hacen guardias de cuatro horas y descansan ocho para que el puente esté controlado permanentemente. Y es que aunque habitualmente se active el piloto automático, los ojos deben estar bien abiertos.

En el puente hay pantallas de las cartas de navegación y de los radares, se controla el viento y también la inclinación del barco, que con las velas desplegadas puede llegar a 15 grados. El Rainbow Warrior III cuenta con helipuerto que apenas se utiliza porque "es muy caro y peligroso". La última vez fue en 2015.