En el año 2000 Alberto García, el alcalde socialista de Catoira, declaraba que "los informes técnicos dicen que no hay peligro de derrumbamiento del puente, pero no se dice que no exista peligro de accidentes, y eso es lo que realmente está ocurriendo ahora". Lo que hacía era "solicitar a la Diputación que las obras contempladas en el estudio elaborado por la empresa José A. Torroja Oficina Técnica se ejecuten en el año 2000".

En 2002 el puente se cerró a causa de la realización de pruebas de carga, las cuales permitieron concluir que esta estructura no revestía peligro y que no había riesgo de derrumbe. Pero los técnicos insistían en la necesidad de actuar para corregir el hundimiento o "curvatura" sufridos en la plataforma.

Para realizar aquellas pruebas de carga se emplearon siete camiones de cerca de cuarenta toneladas de peso cada uno de ellos, y fueron situándose uno tras otro sobre el viaducto.

En base a los datos obtenidos, gestionados por el Centro de Estudios y Experimentación de Obras Públicas, se elaboró el proyecto de reforma del vial que une Catoira con Rianxo sobre el río Ulla, para que las Diputaciones de A Coruña y Pontevedra pudieran iniciar el proceso de adjudicación de las obras y afrontar su acondicionamiento.

En 2003 empezó a hablarse de que la reforma integral del puente iba a costar dos millones de euros, o lo que es lo mismo, el doble de lo que costó construirlo. Eran, más concretamente, 2.288.002 euros (unos 381 millones de pesetas) destinado a volver a nivelar la plataforma de rodadura colocando tensores en la parte inferior del puente, además de anunciarse la instalación de alumbrado público, adoptar medidas para evitar la acumulación de agua de lluvia y, en definitiva, garantizar la seguridad de este trazado de unos 724 metros de largo.

Las diputaciones de A Coruña y Pontevedra iban a pagar a partes iguales la reforma, atendiendo así a una vieja reivindicación y dando visibilidad a lo que se había anunciado en enero de 1997, cuando representantes de ambos entes provinciales inspeccionaron el puente y constataron su deterioro.

Una vez elaborado el proyecto, que costó 270.455 euros (45 millones de pesetas), se firmaba un convenio de colaboración para proceder a la contratación de los trabajos y reforzar el vial, construido en los años setenta.

Fue en 2004 cuando se cerró el puente durante casi cuatro meses para, prácticamente, reconstruirlo. Antes de hacerlo, en enero de aquel año, los técnicos habían dejado claro que el viaducto incumplía la normativa vigente "porque está claramente fuera de la ley".

Un informe de Joaquín López Menéndez, ingeniero director de Vías e Obras en la Diputación de A Coruña, aludía a los estudios efectuados por los ingenieros de Caminos autores del proyecto de reparación del puente en los que se decía que "incumple la normativa actual de Instrucción de Hormigón Estructural (EHE) respecto a los estados límites de servicio; situación que incide sobre la seguridad vial de la obra y sobre su durabilidad, limitando su vida útil". Y añadía que "el puente no cumple con la Instrucción de Carreteras en cuanto al trazado en alzado en su vano central".

Esto justificaba la inmediata reparación, "dadas las posibles responsabilidades civiles y penales en las que podría incurrir la Diputación por mantener abierto al uso una estructura que no cumple con la normativa vigente".

La reforma era tan necesaria como inevitable e inminente, anunciándose un plazo de ejecución de tres meses y tres semanas.

El puente se cerraba completamente al tráfico en febrero de 2014, lo cual obligaba a poner en marcha, aunque con retraso, un servicio de transporte marítimo tratando de facilitar las comunicaciones entre las provincias de A Coruña y Pontevedra. Se trazaba también un plan que indicaba las carreteras a utilizar por los vehículos que a partir de aquel momento iban a encontrarse cerrado el puente. El tráfico se desviaba por la Comarcal 550 a través de Pontecesures y Padrón, la vía rápida de Barbanza, en el tramo entre la localidad padronesa y Rianxo, y la autopista A-9 entre Carracedo (Caldas) y Padrón.

El 28 de mayo de 2004 el puente interprovincial se reabrió al tráfico una vez superada la reforma integral. Eso sí, en medio de una fuerte polémica, ya que no se había construido aún la rotonda de acceso que iba a ejecutarse con este mismo proyecto en el margen catoirense, donde en su lugar se había pintado una pequeña isleta que, como reconocía el entonces presidente de la Diputación de Pontevedra, Rafael Louzán, suponía un considerable peligro para los conductores, a causa de la difícil visibilidad en la zona. Louzán decía que la rotonda no se hizo entonces porque los técnicos no lo creyeron oportuno, y en la Diputación de A Coruña replicaban que si no se construyó fue porque Pontevedra ni siquiera procedió a expropiar los terrenos necesarios.

Pero los problemas no terminarían ahí, tal y como se denunció en repetidas ocasiones desde entonces. Ya en 2016, FARO DE VIGO alertaba de que el puente volvía a presentar un estado caótico, con un alumbrado público en pésimas condiciones, una capa de rodadura irregular, juntas de dilatación deterioradas, una chapucera señalización vertical y los problemas habituales en la plataforma justo donde se encuentra la frontera entre A Coruña y Pontevedra, donde es habitual una joroba en la calzada que llegó a provocar numerosos accidentes de circulación.

Los parcheos fueron constantes, la circulación se interrumpió en diferentes ocasiones para permitir trabajos puntuales de reparación y, en definitiva, el viaducto siguió arrastrando sus achaques de siempre, incluso después de aquella gran reforma.