El proyecto de reconstrucción de la capilla de la isla de Cortegada también incluye mejoras en el exterior, como en el atrio, las escaleras y el espacio que ocupaba el antiguo Hospitalillo. Así lo aseguran desde la Consellería de Cultura, departamento que proyecta esta segunda intervención en la ermita de Los Milagros para "reconstruir las partes derribadas del edificio y poner en valor su entorno para incorporarlo a los usos del Parque Nacional das Illas Atlánticas". El proyecto básico de ejecución está redactado, aunque por el momento se desconoce tanto la inversión que se inyectará en esta segunda fase como los plazos para llevarla a cabo, admiten desde Cultura.

Las primeras obras se ejecutaron en 2017 con una inversión de unos 20.000 euros. Permitieron consolidar los muros y estructuras que se conservaban en pie. Los expertos realizaron un acopio de todos los materiales y en esta segunda fase se recolocarán en el lugar más aproximado a su ubicación original.

En el interior de la capilla se reconstruirá la bóveda de cañón del presbiterio, recuperando las piezas de cantería conservadas de los derribos. También se reconstruirán las partes de los muros demolidos.

Se saneará y drenará el pavimento del interior de la ermita y se acometerán labores de limpieza, tanto en "la cantería de los muros todavía en pie con mortero de cal hidráulica", como en los muros interiores "y posterior revoco con mortero de cal tradicional o con enlacado, conservando los restos de posible policromía existente", reza el proyecto.

En el caso de la cubierta, no será posible su restauración, puesto que no existía. Así, se ejecutará una nueva a base de estructura de madera, entablado de castaño, aislante térmico, placas onduladas de fibrocemento libre de amianto y acabado exterior de teja curva cerámica.

Se recurrirá a la madera también para las nuevas puertas. Se acristalarán las ventanas, pero siempre manteniendo la necesaria ventilación del interior del inmueble.

Por último, se aprovechará para realizar una investigación arqueológica de todo el conjunto.