A tres semanas escasas del penoso estallido de la Guerra Civil, Pontevedra no tuvo otro remedio que pasar por alto aquel año la celebración de sus fiestas de la Peregrina, procesión incluida. Pese a que la ciudad se encontraba en calma bajo férreo control del bando franquista y distaba bastante de cualquier frente bélico, el horno no estaba para bollos.

El domingo 9 de agosto de 1936 solo hubo cultos religiosos en el interior del santuario, desde una misa solemne con orquesta y coro por la mañana, hasta una ofrenda de velas a la virgen por la tarde. En lugar de la tradicional procesión, aquel día de la Peregrina tuvo lugar una gran parada militar en la Alameda y su entorno, con enorme despliegue de las fuerzas existentes.

Al año siguiente, cuando el conflicto seguía abierto sin un final cercano, la procesión de la Peregrina volvió a salir y recuperó todo su protagonismo, pero de nuevo como celebración exclusivamente religiosa. Los fuegos, las verbenas y demás componentes habituales del programa festivo siguieron pendientes de mejor ocasión, que no llegó hasta el final de la contienda. Algún año hubo una novillada de carácter benéfico en favor del acorazado España o a beneficio del Hogar del Herido.

Quizá para compensar la falta de esos actos festivos que tanto añoraron los pontevedreses, la procesión de 1937 revistió gran solemnidad castrense. La Banda de Trompetas de 15 Ligero abrió un cortejo presidido por los gobernadores militar y civil al frente de las principales autoridades. El arzobispo de Santiago, Tomás Muniz Pablos, encabezó las representaciones religiosas. Y el comandante de Estado Mayor, Fermín Gutiérrez Soto, portó el estandarte de la Peregrina a invitación de la cofradía por su estrecha ligazón con Pontevedra, que mantuvo durante toda su vida.

La procesión finalizó ante el santuario con la interpretación del Himno Nacional a cargo de las bandas participantes, y saludado brazo en alto por el público asistente, que recibió luego la bendición del arzobispo compostelano. Ese fervor patriótico nunca faltó en aquel tiempo.

El festejo religioso de 1938 fue un calco del año anterior, aunque con distintos protagonistas. El teniente coronel de la Caja de Reclutas, Rafael González Besada, ocupó la presidencia del cortejo en representación del gobernador militar. El arcipreste del Morrazo, Fraile Lozano, estuvo al frente del clero. Y el gobernador civil, Mateo Torres Bestard, portó el estandarte de la cofradía, secundado por el presidente de la Diputación, Jacobo Rey Daviña, y el jefe local de Falange Española, Antonio Puig Gaite.

La novedad más destacada de esta reseña procesional fue la nominación periodística de los ocupantes de la carroza: las niñas Mª Teresa Rial, Mª Isabel López de Castro, Mª Teresa Nores y Marujita Suárez, junto al niño Monchito Muiños.

Aunque la festividad en 1939 acaeció con la guerra ya finalizada varios meses antes, prevaleció el programa exclusivamente religioso de años anteriores. En esta ocasión, portó el estandarte el gobernador militar, Santiago López Bago, acompañado por dos oficiales a sus órdenes.

Al fin, la Peregrina recobró su programación mixta entre lo lúdico, lo festivo y lo religioso en 1940. Aquel año hubo fuegos, verbenas, competiciones, etcétera, además de la solemne procesión y demás actividades religiosas.