Las Islas Cíes, ahora sin población estable, estuvieron habitadas desde la prehistoria. Del Mesolítico -hace 10.000 años- datan los primeros útiles hallados, mientras que el castro de As Hortas, sito en la isla de Monte Faro y datado entre los años 600 y 100 a.C., da fe de la existencia de asentamientos en la Edad del Hierro. Los "concheiros", yacimientos con restos de conchas, huesos y cerámicas, acreditan que existía antaño una población que ya conocía las delicias del marisco, puesto que en su dieta figuraban moluscos y crustáceos. También se alimentaba de peces, aves, y de las gallinas, cabras y ovejas que criaba.
La fama de las Islas Cíes trascendió pronto fronteras. De ellas se habló en la antigua Grecia y el imperio romano. Herodoto y Estrabón las bautizaron en el siglo V a.C. como Kassitéridas o Islas del Estaño, y Plinio se refería a ellas como "Insulae Deorum" (Islas de los Dioses).
En la Edad Media se ubicaron varias órdenes religiosas en Cíes. Los benedictinos construyeron un eremitorio y el monasterio de San Esteban. Allí se levanta hoy un Centro de Interpretación de la Naturaleza.
Los ataques de los piratas en los siglos XVI y XVII propiciaron que los isleños abandonasen durante un tiempo el archipiélago, que fue considerado en 1810 lugar estratégico de defensa. Los pobladores de entonces vivían fundamentalmente de la agricultura -con el cultivo de patata, maíz y legumbre- y la ganadería de subsistencia. A partir de mediados del XIX, con el auge de las fábricas de salazón, el principal recurso pasó a ser la pesca.
