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"El genoma del kraken no es tan grande como creíamos, es parecido al del hombre"

Sara Rocha, de la UVigo, está en el equipo internacional que lo ha secuenciado

Los secretos del esquivo kraken están más cerca de ser desvelados gracias a un proyecto internacional en el que ha participado la Universidad de Vigo, única representante española, y que ha conseguido secuenciar su genoma. La investigadora lisboeta Sara Rocha, del grupo de Filogenómica que lidera David Posada, formó parte del equipo que firma este logro, integrado por más de 40 expertos de 35 instituciones ubicadas en más de una decena de países y liderados por Rute Fonseca desde la Universidad de Copenhague.

El genoma del calamar gigante - Architeuthis dux- constituye el primer paso para poder conocer la evolución de la especie y dar respuesta a preguntas todavía pendientes como su sorprendente tasa de crecimiento, las hembras pueden alcanzar los 15 metros y los 250 kilos, o su edad.

Rocha y Fonseca, que ha visitado el campus de Vigo, ya se conocían antes de este proyecto y la Universidad de Copenhague financió la estancia en el laboratorio de Posada durante 15 meses, entre 2015 y 2017, de otra bióloga portuguesa, Alvarina Couto, para trabajar en el procesado de la enorme cantidad de datos genómicos. Una tarea para la que contaron con los equipos del Centro Tecnolóxico de Supercomputación de Galicia (Cesga).

Los expertos de la universidad danesa ya habían demostrado en estudios anteriores que existe una sola especie de kraken distribuida por todos los océanos, excepto en el Ártico y la Antártida. Pero la mala calidad de las muestras, que pertenecen en todos los casos a animales muertos y en estado de descomposición puesto que nunca se ha capturado un ejemplar vivo, complicaba la extracción de ADN de calidad.

Estas dificultades hicieron que el trabajo "se alargase en el tiempo" y que mientras tanto se diese a conocer en 2015 el genoma del pulpo, el primero de un cefalópodo. Pero finalmente el equipo logró secuenciar el del kraken a partir del tentáculo de un ejemplar capturado a 197 metros de profundidad en Nueva Zelanda e inmediatamente congelado. Y los resultados, que acaba de publicar la revista GigaScience, son los de mayor calidad para esta clase invertebrados marinos.

"El genoma no es tan grande como creíamos, su tamaño es parecido al del ser humano. Se pensaba que existía una duplicación pero, como ya se demostró cuando se obtuvo el del pulpo, esto no ocurre", apunta Sara Rocha.

El kraken, cuyo genoma fue comparado con el de otros 4 cefalópodos y con el del hombre, dispone de aproximadamente 33.000 genes codificadores de proteínas y de 2.700 millones de pares de bases de ADN frente a los 3.000 millones del ser humano.

El trabajo también ha permitido confirmar y profundizar en cuestiones que ya reveló el genoma del pulpo, por ejemplo, el elevado porcentaje de elementos transponibles, que podrían tener alguna función relacionada con la diversidad de genes y proteínas, y también de protocadherinas, el doble que los mamíferos y tres veces más que otros moluscos.

Desarrollo corporal

Otro aspecto destacable es que los genes HOX, que están agrupados en casi todos los animales y son los responsables del desarrollo corporal, se encuentran dispersos en el pulpo y el calamar. "Son los genes responsables de que las moscas o los humanos tengamos la cabeza en el lugar correcto. Y su disposición en el genoma de los cefalópodos podría tener que ver con el hecho de que sean como aliens, con las vísceras en la cabeza y tentáculos", apunta Sara Rocha.

Precisamente, su aportación consistió en hacer alineamientos de clústeres de genes para que los científicos puedan compararlos con los de otras especies. "El genoma no es un manual de instrucciones directo como el de un microondas, pero te ayuda a comprender muchas cosas o a plantear hipótesis sobre el papel que desempeñan determinados genes y compararlos con los de otros animales. A todos los implicados en el proyecto nos quedaron estudios por hacer con los datos obtenidos y ya hay nuevas iniciativas de genómica comparativa. Si encontramos el tiempo y la financiación a nosotros también nos gustaría continuar", expresa.

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