El funcionamiento del nuevo organismo se regirá por unos estatutos ya pactados por los gobiernos de Galicia y Portugal. Constan de 41 artículos que concretan desde la designación de su plantilla hasta el procedimiento de sus deliberaciones.
Así, su artículo tercero indica la creación de una Asamblea constituida por cuatro representantes de la Xunta de Galicia, designados por su presidente, y otros cuatro de la CCDR-N (Comisión de Coordinación de Desarrollo Regional del Norte de Portugal), también seleccionados por su presidente.
El voto de cada representante "tendrá el mismo peso y se ejercerá indivisiblemente, con independencia del número de representantes individuales que estuvieran presentes en la sesión", añade el segundo punto de este artículo.
Asimismo, esos ocho miembros serán designados y cesados "discrecionalmente" por los respectivos presidentes de Galicia y de la comisión Norte de Portugal. Ninguno de ellos percibirá remuneración económica por este cargo, "sin perjuicio del abono o compensación con cargo a la oficina, de las dietas y gastos".
La Asamblea la presidirá el director, mientras que las funciones de secretaría serán asumidas por el Secretario-Subdirector de la Agrupación. "Ambos tendrán voz pero carecerán de voto en la Asamblea". Respecto a la actividad, la Asamblea se reunirá una vez por trimestre, o bien con carácter urgente y extraordinaria si lo solicita su director o alguno de sus miembros. Y a petición de éstos, podrán intervenir expertos del sector público o privado.
