La operación de extracción del fuel y del sellado de la bodegas del Prestige nunca concluyó. La empresa Repsol, encargada del operativo, abandonó la zona del hundimiento en octubre de 2004 pero en el fondo del mar dejó dos de las cinco lanzaderas empleadas para sacar el hidrocarburo almacenado en los tanques del buque. Una de ellas estaba vacía, pero la otra casi llena.

Además, de las 30 botellas cargadas con nutrientes para acelerar el desarrollo de las bacterias que degradan el fuel, 20 de ellas regresaron a puerto sin que su contenido se inyectara en los tanques del petrolero, partido en dos a 3.800 metros de profundidad.

La operación costó al Estado 110 millones de euros, pero según el Gobierno, el dispositivo permitió que en los restos del buque sólo quedaran 700 toneladas de fuel. Sin embargo, un estudio del Centro de Investigaciones Medioambientales y Tecnológicas y de la Universidad de Pensilvania sostiene que todavían quedan entre 16.000 y 23.000 toneladas en el Prestige.