Aitor Cotano, también miembro del "comando Vizcaya" y detenido el pasado martes en Nigrán, recabó datos sobre las casas del pueblo del PSE-EE en las localidades vizcaínas de Sopelana y Leioa; de la sede del PP en Getxo; de las comisarías de la Ertzaintza en Bermeo, Plencia y Santurce y de los Juzgados de Balmaseda, en Vizcaya, según se desprende el auto del juez Baltasar Garzón.

Además, según el auto el grupo pretendía atentar contra el juez de la Audiencia Nacional, Fernando Grande-Marlaska, en su residencia veraniega en Ercaray (La Rioja). Goikoetxea y Marutegui, colaborador del comando, recibieron el encargo personalmente de "Txeroki" y pretendían colocar un artefacto que iba a ser activado mediante un cable para evitar los inhibidores de frecuencia. No obstante, el proyecto se frustró, puesto que los terroristas no vieron a Marlaska en esta localidad.

Por otro lado, pretendían secuestrar y luego matar al concejal socialista de Eibar, Benjamín Atutxa. Goikoetxea y Martitegui lo vigilaron entre octubre de 2007 y abril de 2008 para proceder a su secuestro; para lo que contaban con jeringuillas y tranquilizantes en el zulo hallado en Pazuengos (La Rioja) con el objetivo de "neutralizar a la víctima". Posteriormente, lo mantendrían "sedado un par de días" para "acabar con su vida", emulando el procedimiento seguido con el secuestro y asesinato del concejal del Partido Popular de Ermua, Miguel Angel Blanco, en 1997.

El "comando Vizcaya" también tenía la misión de realizar un estudio sobre posibles infraestructuras en Portugal, por orden de "Txeroki". Su objetivo era establecer allí "una base permanente de actuación". Goikoetxea y Martitegui se desplazaron a Lisboa, donde alquilaron viviendas y sustrajeron documentación y vehículos, entre los que se encontraba el Seat Ibiza que utilizaron para huir del atentado contra la Casa Cuartel de Durango (Vizcaya).

Para continuar con su "campaña de verano", los terroristas tenían pensado desarrollarla en Andalucía, a donde Goikoetxea y Borrero, otro de los colaboradores, tenían previsto desplazarse. Su primera parada sería Granada, donde iban a reunirse el 15 de agosto para mantener una cita donde iban a recibir instrucciones de la banda para a cometer atentados en "lugares de ocio tales como centros comerciales y hoteles", según desvela el auto.