El progenitor de los Guaidó tiene cuatro hijos, dos varones y dos mujeres, que actualmente están separados por la inmensidad del Océano Atlántico. Wilmer dejó en Venezuela a los dos hijos que tuvo con Norka Márquez, Gustavo Guaidó y el propio Juan, que se quedaron allí para proseguir sus estudios superiores. El progenitor del político de Voluntad Popular, partido fundado por Leopoldo López, se estableció hace unos 16 años en El Médano, población del municipio chicharrero de Granadilla de Abona, junto a su segunda esposa, Esther Pumeda, una antigua azafata de Aerovías Venezolanas (Avensa), con la que tuvo otras dos hijas, Marla Valentina y Gabrielle.