El Bayer Leverkusen creció a la sombra del gigante farmacéutico que financia el club. Fueron un grupo de trabajadores de Bayer los que en 1903 presentaron a los dueños de la empresa la petición de montar un equipo con empleados de la planta química. El fútbol había comenzado a expandirse por todo el continente y no había ciudad, empresa o sociedad que no tuviese la intención de unirse a aquella fiebre. Les dieron el visto bueno aunque hasta el año 1907 no nació de forma oficial el equipo que comenzó disputando la Segunda División del distrito de Colonia.

Hasta nuestros días, el Bayer Leverkusen ha ido creciendo junto a la marca que le da nombre y desde mediados de los años ochenta es uno de los habituales equipos que representan a Alemania en las competiciones europeas. Fue precisamente en la Copa de la UEFA en la que conquistaron el primer título de su historia. Fue en 1988 en aquella inolvidable final ante el Espanyol de Javier Clemente. 3-0 en Sarriá y 3-0 en el BayArena con lo que el título se resolvió en una angustiosa tanda de penaltis resuelta a favor de los alemanes.

Cuatro años después alcanzarían su único título en Alemania. La Copa que ganaron por 1-0 al Hertha de Berlín. Desde entonces lo suyo ha sido una larga espera por un nuevo título. Asomándose en ocasiones (cinco veces fue subcampeón de la Bundesliga), produciendo grandes futbolistas pero con cierta sensación de ser un equipo al que nunca acompañaba la suerte. En 2002 con Klaus Toppmöller en el banquillo llegó a perder las finales de la Liga de Campeones (en Hampden Park ante el Real Madrid por 2-1), de la Copa y fue segundo de la Bundesliga. Le llamaron el "Bayer Neverkusen" a raíz de aquella secuencia de desgracias.

En la actualidad el equipo está en manos de Heiko Herrlich, de 45 años, que vive su primera temporada en el banquillo del BayArena. No ha sufrido muchos cambios su plantilla. El fichaje más caro que han hecho este verano ha sido el del centrocampista Sven Bender, procedente del Borussia de Dortmund, y por el que han pagado doce millones de euros. Lo mismo que les han pagado a ellos por el turco Toprak. También han perdido a Chicharito Hernández (17 millones ha pagado el West Ham) o el griego Papadopoulos (6,5 pagó por él el Hamburgo).