A estas alturas de pandemia seguro que son pocos los que se han librado de realizarse una prueba de coronavirus, ya sea un test de antígenos o una PCR. Con toda probabilidad muchos habrán tenido que repetirlo varias veces.

Las pruebas rápidas de PCR han sido y son el método más usado para detectar el nuevo coronavirus, SARS-CoV-2, tanto en muestras de pacientes como en el medio ambiente, el agua, por ejemplo.

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El único pero que desde el principio ha tenido esta prueba es que no es capaz de distinguir entre virus infecciosos e inactivados, que no representan un peligro para la transmisión de la enfermedad.

Ahora, un equipo de investigación liderado por el Instituto de Agroquímica y Tecnología de los Alimentos (IATA-CSIC), del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), ha desarrollado un sistema que permite eliminar la señal de PCR de los virus inactivos utilizando un marcador molecular de viabilidad. Una técnica que se puede emplear en cualquier laboratorio convencional.

De esta manera, se mejora la fiabilidad de esta prueba para detectar el coronavirus infeccioso en muestras clínicas y medioambientales.

Sólo detecta el coronavirus cuando contagia

El sistema consiste en un tratamiento de las muestras utilizadas para realizar la PCR rápida mediante un reactivo de viabilidad (cloruro de platino) que penetra a través de la membrana del virus inactivo y se une a su material genético impidiendo su detección en la prueba diagnóstica. Se consigue así que la PCR detecte sólo el virus potencialmente infeccioso.

El método está descrito tanto para muestras clínicas de pacientes con coronavirus como en aguas residuales, en la revista Scientific Reports, del grupo Nature.

El equipo de investigación liderado por el IATA-CSIC empleó muestras de SARS-CoV-2 inactivadas para evaluar cinco compuestos como reactivos de viabilidad y así optimizar el procedimiento.

«El objetivo era quitar la señal de la PCR que se corresponde a virus no infecciosos», explica Gloria Sánchez, investigadora del CSIC responsable del grupo de Virología Ambiental y Seguridad Alimentaria (VISAFELab) del IATA-CSIC que ha desarrollado el estudio.

«Utilizando distintos compuestos y matrices para tratar las muestras, hemos logrado las condiciones óptimas para no detectar el coronavirus inactivado en las PCR», asegura.

El sistema se ha validado utilizando muestras de pacientes de coronavirus facilitadas por el Servicio de Microbiología del Hospital Clínico de València-Instituto de Investigación Sanitaria (INCLIVA).

También con muestras de aguas residuales, donde se estudia desde el inicio de la pandemia de la covid-19 la presencia del coronavirus como indicador de su evolución.

De hecho, el grupo liderado por Gloria Sánchez en el IATA-CSIC analiza mediante pruebas de PCR rápidas las aguas residuales de varias ciudades españolas para rastrear la presencia del coronavirus.

«Con este nuevo método hemos demostrado que las aguas residuales no son un vector de transmisión del coronavirus, puesto que el virus que detectamos está inactivado», revela Walter Randazzo, investigador posdoctoral del grupo.

Evitar los ‘falsos positivos’ en las PCR rápidas

En cuanto a las muestras clínicas, este método evitaría el problema de las PCR positivas, cuando lo que se detecta es un virus no infeccioso.

Además, la forma de preparar las muestras se puede realizar en cualquier laboratorio que hace PCR. Esta prueba diagnóstica permite detectar un fragmento del material genético de un patógeno y ha sido la forma más utilizada para detectar el coronavirus durante esta pandemia.

Además, el grupo investigador, donde participa también el Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura (CEBAS-CSIC), el Departamento de Microbiología de la Universitat de València y la Agencia Nacional de Seguridad Alimentaria de Francia (ANSES), ha realizado otro estudio donde aplican este método a muestras de coronavirus recogidas de diversas superficies.

Los resultados, publicados en la revista Environmental Research, «muestran que el sistema es eficaz para recuperar el SARS-CoV-2 y otros coronavirus en las superficies, y que elimina también la señal de PCR de virus inactivos», destaca Gloria Sánchez.