Na Guerra Civil, por mor das súas ideas progresistas e a súa amizade con galeguistas como Castelao, foi expulsado da súa praza de profesor, retirándose a Laxe, a súa vila natal, onde seguiu coas súas investigacións, fundou o Laboratorio Xeolóxico de Laxe e encamiñou os seus traballos cara á xeoloxía. En Laxe tamén se fixo cargo de varias empresas mineiras e cos ingresos obtidos tratou de fomentar a recuperación da cultura galega.
En 1945 traballou co Instituto Xeolóxico e Mineiro de España e unha década máis tarde empezou a colaborar coa Universidade de Leiden (Países Baixos) e tamén coas de Montpellier e Estrasburgo (Francia), Zürich (Suíza), Munster (Alemaña) e Lisboa (Portugal). Grazas a estas novas investigacións converteuse en moderador do coñecemento xeolóxico de boa parte de Europa.
Nesa mesma época traballou para a empresa Zeltia. Nun consello de administración, Antonio Fernández López, un dos donos da empresa, lamentouse da falta de calcáreas para fomentar a súa elaboración en Galicia e do elevado prezo do cemento. O propio Isidro Parga Pondal presentoulle un informe no que sinalaba Lóuzara, en Samos, como o lugar onde se atopaban estas calcáreas. Ese foi o comezo de Cementos do Noroeste S.A., creada en 1958, de cuxo consello de administración formou parte.
En 1962 foi nomeado profesor agregado do Instituto Lucas Mallada, recibindo distincións como o Premio de Ciencias da Deputación Provincial da Coruña (1972), o Premio de Investigación da Universidade de Santiago e da Universidade Menéndez Pelayo (1982), a medalla Castelao, doutorado honoris causa pola Universidade de Santiago (1983), presidente honorario da Academia de Ciencias de Galicia, membro numerario da Academia de Doutores de Madrid, correspondente da Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas e Naturais, correspondente da Real Academia de Doctores de España e correspondente da Real Academia de Ciencias e Artes de Barcelona.
O labor do investigador segue presente no Instituto Universitario de Xeoloxía Isidro Parga Pondal, creado en 1997 a través dun convenio da Xunta entre o Laboratorio Xeolóxico de Laxe que lle cedera ao intelectual Díaz Pardo e á Universidade da Coruña para investigar no campo da xeoloxía.
