Aunque los elogios a Jorge Mario Bergoglio se sucedieron desde que fue designado sucesor de Pedro al frente de la Iglesia Católica también hubo voces que le acusaron de mantener una postura tibia con la dictadura argentina y que le relacionan con desapariciones y torturas durante el gobierno de la Junta Militar de Jorge Videla.
El nuevo Papa fue muy cuestionado por las Abuelas de la Plaza de Mayo, que le obligaron a declarar ante la Justicia durante los procesos por la desaparición de bebés, concretamente en el caso de la nieta de Alicia de la Cuadra, una de las fundadoras de la asociación. Posteriormente reprodujeron un fragmento de la declaración del jesuita en el que admitía que tuvo conocimiento de la apropiación de niños durante la dictadura "en el tiempo del juicio de las juntas", poco antes de los años 90.
El impulso que los Kirchner dieron a los juicios por los delitos de lesa humanidad cometidos durante la dictadura militar (1976-1983) salpicó a la Iglesia católica y Bergoglio declaró también como testigo en el juicio por Plan Sistemático de apropiación y en la megacausa de la escuela de Mecánica de la Armada, donde estuvieron secuestrados dos sacerdotes subordinados de Bergoglio, entonces superior de los jesuitas, que realizaban labores sociales y a los que se les retiró la protección religiosa,
Como cabeza de la Iglesia católica argentina, mantuvo duros enfrentamientos con los gobiernos de los Kirchner. Las discrepancias se agudizaron por asuntos como el matrimonio gay o el aborto, lo que amplió la distancia tanto que el propio presidente Néstor Kirchner llegó a identificarlo como un representante de la oposición.
Las tensas relaciones llegaron a su punto álgido en 2010, durante el mandato de Cristina Fernández, cuando se dio vía libre a los matrimonios del mismo sexo, que el religioso consideró "una movida del diablo". Bergoglio encabezó la marcha contra estas uniones y envió cartas a todos los sacerdotes pidiendo que se hablara en todas las misas sobre "el bien inalterable del matrimonio y la familia".
"No se trata de una simple lucha política; es la pretensión destructiva al plan de Dios", escribió Bergoglio en vísperas de la aprobación del proyecto en el Congreso.
Aunque perdió esta batalla, poco después logró frenar la difusión de una guía médica que repasaba los supuestos de aborto admitidos por la ley argentina: violación y peligro para la vida o la salud de la madre. Para el jesuita, "el aborto nunca es una solución" y reclamó que se "preserve y respete" tnto la vida de la madre como del niño por nacer.
La presidenta Cristina Fernández y el nuevo Papa no se ven las cara, en privado, desde el 17 de mayo de 2010. Un año antes, el cardenal había afirmado en un seminario que "los derechos humanos se violan no solo por el terrorismo, la represión y los asesinatos, sino también por la extrema pobreza". La presidenta argentina no tardó en contestarle que "hay dos clases de personas, quienes hacen declaraciones sobre pobreza y los que nos dedicamos a ejecutar acciones para combatirla". Pese a los desencuentros, el arzobispo tuvo la consideración de "pedir gratitud" cuando falleció Néstor Kirchner.
