Preguntado por la relación entre los judíos y la Inquisición, Fernando Suárez manifestó que en un principio existía la Congregación para la Doctrina de la Fe, una institución de la Iglesia que permanece en nuestros días y que presidió hace años el actual Papa, Joseph Ratzinger. Fue a partir de 1480, con los Reyes Católicos, cuando fue utilizada como tribunal político, civil, contra los criptojudíos. "La mayor parte de los judíos conversos eran buenos cristianos -matizó-. El rabino de Burgos se convirtió en obispo de Burgos, aunque eso no fue lo habitual. Pero cuando hubo conversiones forzosas sí hubo falsos conversos".

Una de esas falsas conversiones fue la de los judíos que, tras la expulsión de España en 1492, fueron congregados en Lisboa para una "conversión masiva". Las autoridades lusas no querían renunciar a la riqueza de los judíos y evitaron así su destierro.