El Puerto de Marín arrastra un grave problema desde 2009, aún no solucionado, por la sentencia que declara ilegales sus últimos rellenos. El conflicto permanece ahora a la espera de que se determine qué rellenos en concreto, y con qué superficie, están afectados por ese fallo judicial del Tribunal Supremo. Esa tarea ha sido encomendada al Tribunal Superior de Xustiza de Galicia pero todo apunta a que su resolución final será objeto de nuevos recursos, que retrasarán otra vez la ejecución del fallo que, además, se ha pedido que se declare "imposible". Según la memoria anual de la Autoridad Portuaria, la superficie terrenos y las áreas de depósito suman más de 74 hectáreas en la actualidad, en especial en el denominado "Sector Comercial Leirós y Zona de Expansión", que suma 400.000 metros cuadrados.

Hace diez años, en 2006, esta superficie terrestre total era de algo más de 700.000 metros cuadrados, mientras que en 2001 apenas se superaban las 500.000.