La reapertura de las Ruinas de Santo Domingo fue también una oportunidad para felicitarse por la decisión de la Comisión de Antigüedades, que a finales del siglo XIX y tras lamentar el derribo de las Torres Arzobispais pasa a centrar su labor en la protección de este edificio, hasta que el 15 de agosto de hace 121 años fueron declaradas Monumento Histórico Artístico.

Años antes había empezado el derribo del que un día fue el convento gótico más grande de Galicia, de hecho ningún otro templo de una orden mendicante cuenta con cinco ábsides en la cabecera. Tras la exclaustración pasó a depender de la Junta de Enajenación de Edificios y Efectos de los Conventos Suprimidos y se le dio uso como asilo, cárcel, hospicio, escuela... En paralelo se retiraban sillares de muros y capillas para pavimentar calles.

Tras decretarse su conservación (que no fue totalmente respetada: Casto Sampedro batalló las dos décadas siguientes para frenar el pretendido espolio de sepulcros y altares) el monumento continuó sufriendo, como recordó el director del Museo, ya que está muy reducido con respecto a la estructura original. El actual instituto Valle Inclán se construyó en el lugar que ocupaba la iglesia y lo muros están hoy "a la intemperie", de modo que la meteorología acentúa su deterioro, por ejemplo borrando las pinturas murales.