La memoria ambiental incorporada al Plan Especial incluye un resumen de todos los informes y alegaciones formulados por instituciones y particulares. Entre ellos aparece en del Ministerio de Medio Ambiente, en concreto de la Dirección General de Costas. Su informe apunta que "entre las actividades permitidas se incluyen los centros culturales o auditorios". Al respecto, Costas señala que "tanto los usos comerciales como el resto de actividades admitidas en las diversas zonas propuestas en el Plan Especial deberán estar directamente vinculadas con los usos portuarios, bien por su relación con el tráfico portuario o por prestar servicios a los usuarios del puerto, tal y como dispone la Ley de Costas. Estas objeciones también aparecen en los informes municipales de Pontevedra.

El Ministerio de Defensa emitió un informe favorable al Plan Especial, si bien puso sobre el papel algunas advertencias previas, que se resumen en la memoria ambiental: "indica que dada la proximidad de la Escuela Naval Militar y la cantidad ingente de movimiento de lodo que suponen las obras de mejora de calado previstas, se debería verificar que las obras de dragado no repercuten negativamente en la dársena militar con la disminución de los calados".

Por ello, señala que "las obras a realizar se desarrollarán adoptando las necesarias medidas de coordinación con las autoridades de la Escuela Naval a fin de evitar los problemas indicados".

Por su parte, Aviación Civil recuerda que gran parte del Puerto está afectado por las servidumbres aeronáuticas del aeropuerto de Peinador.