Los ríos de la comarca de Pontevedra gozan mayoritariamente de buena salud, al menos en lo que se refiere a la calidad biológica de las aguas en base a la presencia de variadas comunidades de animales invertebrados en las cuencas fluviales pontevedresas. Eso no impide que el colectivo ecologista Adega llame la atención sobre la presencia de especies invasoras autóctonas como el visón americano. Un depredador que en la comarca de pontevedra ha sido detectado en el curso del río Gafos.
El último informe elaborado por Adega sobre la salud de los ríos gallegos, desarrollado en el marco del "Proxecto Ríos" y que analiza diferentes tramos fluviales a través de 85 inspecciones sólo en la provincia de Pontevedra, destaca que los principales cauces de la comarca cuentan con una calidad biológica de las aguas entre buena y muy buena. De hecho, en la provincia de Pontevedra sólo algunos tramos de los ríos Lagares y Zamáns, en Vigo, presentan trechos con una calidad de agua moderada o "deficiente".
Con todo, el informe sí llama la atención sobre las agresiones que sufre en ecosistema fluvial en lo que se refiere a la conservación del bosque de ribera. De todos los ríos de la comarca llaman la atención sobre el Gafos, en el que dos de los cuatro tramos analizados el ecosistema de los márgenes aparece con "alteraciones importantes" o están "muy degradados". Otros dos tramos se encuentran bien conservados. El colectivo ecologista llama la atención sobre la creciente degradación y pérdida de vegetación de los márgenes fluviales que a largo plazo influirá en la calidad biológica del agua.
El estudio de Adega también detecta alteraciones importantes en el bosque fluvial en el margen izquierdo de un tramo del río Lérez (señalan que está bien conservado en su lado derecho y que cuenta con una muy buena calidad biológica), en el río Do Chope de Moraña, en el Umia, en el Chaín (Portas) o en el Follente en Caldas.
En cuanto a especies invasoras, el Gafos es uno de los ríos que presenta un mayor número de flora y fauna foránea que supone un riesgo para el ecosistema autóctono, hasta un total de nueve especies. Además del visón, hay flora invasiva como son la acacia negra, la cala, la caña, el eucalipto, la falsa acacia, la hierba de la pampa, la mimosa y la tradescantia u "orella de gato", que procede de Argentina y Brasil.
