Francisco Fernández Liñares gestionó un presupuesto de más de 300 millones de euros para adjudicación de obras y servicios durante el período que desempeñó el cargo de presidente de la Confederación Hidrográfica Miño Sil, entre el año 2009 y marzo de 2012. Los presupuestos del organismo de cuenca ascendieron a 140 millones de euros en 2009, 152 millones en el año 2010, 82 millones en 2011, 48 millones en 2012 -el día 1 de marzo le tomó el relevo el funcionario Francisco Marín, procedente de la delegación de Medio Rural en Ourense-, y en 2013 tendrá solamente 36 millones de euros, según las previsiones. A esto hay que restarle veinte millones de euros por ejercicio, correspondientes a gastos corrientes: pago de locales, salarios, otros gastos e intereses. El resto se destina todo a la contratación de obras y servicios.

La juez Pilar de Lara Cifuentes rastrea las adjudicaciones realizadas por Francisco Fernández Liñares, dentro del curso de la operación Pokémon, al contar con grabaciones de llamadas y documentos que pueden probar el cobro de contrapartidas o sobornos a cambio de adjudicaciones. La juez decretó el ingreso en prisión sin fianza, el pasado día 24, del expresidente de la Confederación Hidrográfica Miño Sil y exconcejal de Urbanismo y Economía de Lugo, Fernández Liñares, después de que prestara declaración durante diez horas.

Tras su puesta a disposición judicial e ingreso en prisión, fueron detenidos varios empresarios de Galicia, que posteriormente pasaron a disposición judicial, entre los que se encuentra el matrimonio de O Carballiño formado por José Daniel Blanco y Olga González, propietarios de la empresa Forestación Curro S.L. Fuentes próximas al caso, consideran probable que puedan producirse otras detenciones.

Entre los colaboradores de Fernández Liñares no faltan las personas que lo contemplan como "un hombre gris" y "un mandado", que tenía por encima un jefe que puede estar relacionado con la "Operación Campeón". En cambio, sostienen que el secretario general del PSdeG, Manuel Vázquez, "nunca se fió de él", por lo que "marcó distancias". También ha trascendido que contrató al chófer que tenía en Lugo, cuando llegó a Ourense, a pesar de que la Confederación Hidrográfica Miño Sil ya "había cubierto ese puesto".

Las últimas adjudicaciones rubricadas por Francisco Fernández Liñares en el organismo de cuenca fueron los servicios de Telecomunicaciones de la Confederación Hidrográfica del Miño Sil; el servicio de vigilancia y seguridad de las instalaciones de la EDAR de Cabo Prioriño y emisario submarino asociado; obras de conexión del tramo superior de Villafranca al saneamiento del Bierzo bajo. Saneamiento del Bierzo bajo (León), continuación del servicio de mantenimiento, limpieza y reparación de los canales y acequias del regadío del Valle de Lemos, Bóveda, Pobra de Brollón, Monforte de Lemos y Sober (Lugo), 3ª fase; servicios de asistencia técnica para la dirección de las obras del proyecto de conexión del tramo superior de Villafranca al saneamiento del Bierzo Bajo, saneamiento del Biezo Bajo (León); servicio de ingeniería para la redacción del proyecto del colector general de Tomiño (Pontevedra), tramo Torrón-Carregal; servicio de asistencia a la gestión y evaluación externa del proyecto Xarco, del programa operativo de cooperación transfronteriza España-Portugal 2007-2013; servicios de telecomunicaciones de la Confederación Hidrográfica del Miño-Sil; continuación del servicio de mantenimiento, limpieza y reparación de los canales y acequias del regadío del Valle de Lemos, Bóveda, Pobra de Brollón, Monforte de Lemos y Saber (Lugo), 3ª Fase; renovación de las escaleras de acceso a las instalaciones de la margen izquierda de la presa de Bárcena, Ponferrada (León); restauración, conservación y rehabilitación del dominio público hidráulico y de prevención de daños por inundaciones mediante actuaciones selvícolas en ríos de las provincias de Lugo y León; conexión con el tramo superior de Villafranca al saneamiento del Bierzo Bajo, saneamiento del Bierzo Bajo (León); construcción y puesta en funcionamiento de una estación integral de control agregado tipo SAIH y una estación de control integrado tipo SAICA en el río Troncoso, dentro del término municipal de Padrenda, englobada dentro del proyecto Carisma; calidad ambiental de las reservas naturales fluviales internacionales y del medio acuático, cofinanciado por el Feder y el programa operativo de Cooperación Transfronteriza España-Portugal 2007-2013; construcción de red de colectores e instalación y puesta en funcionamiento de una estación depuradora compacta de tratamiento de aguas residuales (E.D.A.R.) en el núcleo de Olelas, Concello de Entrimo, englobada dentro del proyecto Carisma; calidad ambiental de las reservas naturales fluviales internacionales y del medio acuático, cofinanciado por el Feder y el programa operativo de Cooperación Transfronteriza España-Portugal 2007-2013; adecuación del entorno del río Miño en Docas-Pasaxe, A Guarda; proyecto de acondicionamiento de márgenes del río Saa a su paso por el núcleo de A Pobra de Brollón (Lugo); adecuación del área recreativa "Prado da Cal", Pol (Lugo); adecuación del entorno del río Miño en Docas-Pasaxe, en A Guarda (Pontevedra); servicio de auditoría externa del proyecto Carisma, del programa operativo de cooperación transfronteriza España-Portugal 2007-2013; servicio de auditoría externa del proyecto Xarco, del programa operativo de cooperación transfronteriza España-Portugal 2007-2013; adecuación de las instalaciones del saneamiento del Bierzo Bajo a la red de la mancomunidad municipal para el tratamiento de las aguas residuales del Bajo Bierzo (León); servicio de comunicación integral consistente en la elaboración de un plan de comunicación, página web y jornada de lanzamiento, junto con la implementación de acciones de difusión y sensibilización ambiental e instalación sinaléptica respecto de las tareas acometidas en los ríos Troncoso y Laboreiro para el proyecto CARISMA; obras de mejora de la capacidad hidráulica de desagüe mediante actuaciones sobre la vegetación del cauce y zona de servidumbre en ríos de la provincia de Ourense y Pontevedra, entre otros.