Cuando fue excarcelado a mediados de 2012 José Eligio Otero recibió una compensación de 31.080 euros por los 259 días que estuvo en prisión. Una cuantía a razón de 120 euros día y que venía determinada por la jurisprudencia previa. Esta cantidad fue considerada claramente insuficiente por la defensa del joven buenense, que pedía un total de 177.444 euros a causa de los perjuicios materiales y morales sufridos por su estancia en la prisión. En este caso, el cálculo de la indemnización se realiza a razón de 200 euros por día en prisión, con un factor de corrección del 25%.

La Sala de lo Contencioso-Administrativo de la Audiencia Nacional estima parcialmente la petición de José Eligio Otero Martínez. Por un lado, detecta ciertos "automatismos" en la respuesta inicial de la Administración, a la que se le reprocha que no tuviese en cuenta las circunstancias del joven: "Su edad, un chico cuasi-analfabeto de familia muy humilde, con trabajos esporádicos, de muy escasa cualificación", recoge en su sentencia. Añade el fallo que José Eligio "fue sorpresivamente abordado por la Guardia Civil, detenido e ingresado por hechos que no había cometido, fue llevado a Navarra pese a que nunca había estado allí; y durante ese tiempo no recibió una sola visita de un familiar debido a la falta de medios".

No obstante, tampoco atiende a todos los argumentos de la parte demandante. "El lucro cesante que se reclamaba no puede indemnizarse porque no hay prueba de los ingresos estimados, ni de la extensión de los contratos que se dicen extintos debido a la prisión. Y tampoco hay una prueba contundente acerca de la ausencia de relación laboral o de las posibilidades de trabajo", apunta. La Audiencia Nacional sí constata una situación de estrés postraumático y depresión, aunque "entendemos que excede de los daños morales que por sí misma acarrea la prisión". Así, aumenta la indemnización en 70.000 euros adicionales por "la gravedad y repercusión de los hechos y el tipo de delito especialmente infamante por el que fue encausado".