Como rector, López Crespo trató de estimular tanto los estudios eclesiásticos como las instalaciones del centro, de modo que incrementó la dotación económica de la biblioteca; aumentó los ingresos para el Seminario; consiguió elevar el número de estudiantes así como el de alumnos externos, etcétera. Conviene aclarar que este Seminario regido por López Crespo no es el actual, sino el Colegio de San Clemente, debido al arzobispo fray Rafael Vélez.

No fue hasta el año 1866 cuando el Seminario Mayor se trasladó definitivamente a su actual edificio. Finalmente, el vilagarciano José López Crespo es elegido obispo de Santander en el Consistorio de fecha 26 de septiembre de 1859, ciudad a la que llega en febrero de 1860.

Al parecer fue la intervención directa de la reina Isabel II la que precipitó su nombramiento como obispo de Santander, "por la extrema sensibilidad de los discursos" del insigne personaje de Cornazo.

El historiador de la diócesis de Santander, Sixto Córdova y Oñate hace la siguiente semblanza del obispo arousano: "No quedan en la ciudad otros sacerdotes adscritos al servicio parroquial, que cuatro ecónomos, con la mezquina retribución anual de 3.000 reales cada uno. Fuera de estos cuatro, no había sacerdote alguno secular de esta diócesis: solo existían de ajena diócesis un capellán del instituto provincial y otro de la cárcel. Del clero regular había solamente cinco franciscanos exclaustrados, cuatro jesuitas, un agustino y el famoso Pedro Apolinar, dominico exclaustrado de Ajo, inmortalizado por Pereda".

Efectivamente, Pereda en su obra "Sotileza" resalta la figura del padre Apolinar, "que representa la imagen del clero como consolador de los males sociales a la vez que guardián de los valores de la tradición popular", cuando interviene en los respectivos casamientos de Andrés y Casilda.

Ante esta situación parroquial el obispo solicitó a las autoridades eclesiásticas y civiles que destinaran a Santander el personal que le correspondía según el Concordato de 1851, consiguiendo en julio de 1868 "la instauración de las cinco parroquias con sus ecónomos y archivos respectivos". También se involucró en los problemas sociales de la diócesis, siendo la intervención más destacada del obispo conseguir del general Calonge el perdón para los 35 santanderinos que habían sido condenados a muerte por su intervención en las revueltas ocurridas en la ciudad el 24 de septiembre de 1868.

Cuenta el citado historiador Córdova y Oñate sobre este episodio que el obispo "cayó de rodillas ante el general y, llorando, hizo llorar a todos cuando dijo: si la justicia pública necesita alguna víctima, no llevéis el luto a infinitas familias, y si mi vida pudiera valer para librar la de estos infelices, estoy pronto a darla. No salga yo de aquí, sin la confianza de que ni uno solo de los prisioneros será fusilado".

El actual cronista oficial de Santander, el historiador Benito Madariaga, señala que durante la Revolución de 1868 en Santander, "la batalla fue dura con numerosas bajas por ambos bandos. Los que fueron tomados prisioneros no fueron pasados por las armas gracias al bondadoso comportamiento del Obispo López Crespo". Falleció en su diócesis el 21 de marzo de 1875 en el palacio episcopal situado en la plazuela de los Remedios, y pasados bastantes años fue recordado en su parroquia natal de Cornazo en un sencillo acto el 9 de enero de 1910.

En dicho acto, como se recoge en la documentación histórica que se conserva: "Fue entregado al señor cura párroco de Cornazo, para ser colocado en la sacristía de su iglesia, un hermoso retrato al óleo, en gran tamaño, del ilustrísimo José López Crespo. Natural de dicha parroquia, que ejerció con gran celo y acierto el cargo de Rector del Seminario de Santiago, fue consagrado Obispo en el año 1860 y ocupó la silla episcopal de Santander hasta el año 1875 en que murió".

Señalaba el periódico que "dejó gratos recuerdos en el desempeño de sus delicados cargos, fue Padre del Concilio Vaticano, y debió ser varón de grandes virtudes, pues cedió cuantos bienes poseía, hasta los propios heredados de sus padres, en beneficio de los pobres".