Alexis II (Alexéi Ridiger) asumió la dirección de la iglesia rusa en junio de 1990, dieciocho meses antes de la desaparición de la Unión Soviética, tras el fallecimiento de su antecesor en el cargo, Pímen I.

Nacido en Tallin (Estonia) en 1929 en una familia de emigrantes rusos, fue nombrado obispo de esa ciudad en 1964 y cuatro años más tarde se convirtió en arzobispo.

En 1986, en plena Perestroika, fue designado metropolita de Leningrado (hoy San Petersburgo) y Nóvgorod, cargo que ejerció hasta su nombramiento como patriarca.

Alexis, que fue elegido diputado del pueblo en 1989, cargo que ostentó durante unos meses, condenó el golpe de estado de agosto de 1991 contra el entonces presidente soviético, Mijaíl Gorbachov.

Desde la caída de la URSS, mantuvo como líder de la IOR una relación muy fluida tanto con el primer presidente democráticamente elegido de la historia de Rusia, Borís Yeltsin, como con sus sucesores.

Tanto Yeltsin, como después Vladímir Putin y en la actualidad Dmitri Medvédev, bautizado en 1989, han aparecido en numerosas ceremonias oficiales acompañando al patriarca ortodoxo.

Esta sintonía permitió a la IOR recuperar su libertad de acción, recibir el apoyo financiero del Estado y recuperar muchas de sus propiedades expropiadas por las autoridades soviéticas.

Durante los últimos años de su mandato, Alexis fue un firme defensor del papel preponderante de la IOR en la sociedad rusa, pese a que la Constitución estipula que Rusia es un Estado multiconfesional integrado por ortodoxos, musulmanes, judíos y budistas.

En concreto, propuso introducir una asignatura obligatoria de religión ortodoxa en la educación secundaria, lo que fue muy criticado por los líderes de las otras tres religiones oficiales en Rusia.

En su haber figura la reunificación entre la IOR y la Iglesia Ortodoxa en el Exterior, fundada por los sacerdotes y creyentes que huyeron del terror desatado en Rusia tras la revolución bolchevique de 1917.

Además, mantuvo unas relaciones muy difíciles con la Iglesia Católica, en particular, con el anterior pontífice, Juan Pablo II, al que acusó de promover el proselitismo en la zona de influencia de la IOR en Rusia y Europa del Este.

En particular, Alexis II denunció la expansión hacia el este de Europa de la Iglesia católica ucraniana de rito oriental (nacida en 1595), conocida como Uniata y que Juan Pablo II no pudo convertir en Patriarcado por la oposición de los ortodoxos rusos.

La IOR incluso expulsó en 2002 a cinco sacerdotes católicos después de que el papa polaco Karol Wojtyla decidiera reorganizar sus estructuras en Rusia con la creación de cuatro diócesis.

En cambio, las relaciones entre Roma y Moscú mejoraron sensiblemente con la llegada al pontificado de Benedicto XVI, con el que dijo compartir principios morales.

El patriarca se manifestó públicamente en contra de la homosexualidad e incluso tachó de "sacrilegio" las marchas de orgullo gay.

En varias ocasiones ha sido acusado, entre otros, por Gleb Yakunin, pope y ex diputado democrático, de haber sido durante varias décadas un agente de los servicios secretos soviéticos (KGB), algo que siempre ha negado rotundamente.

Con todo, pidió públicamente perdón por haber practicado el colaboracionismo con las autoridades soviéticas en materia religiosa.