La investigación marina en Galicia

Vigo lidera la creación de un "software" para el cálculo automático de la fecundidad de peces

La herramienta, "Govocitos", es gratuita y reduce a la mitad el tiempo empleado ahora -"Es más precisa y permite ver el desarrollo de los huevos", afirma la líder del proyecto, Rosario Domínguez

21.10.2015 | 02:23
Captura del software. // FdV

El Instituto de Investigaciones Marinas (IIM) de Vigo -dependiente del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, CSIC- lideró un proyecto que pretende cambiar la forma de trabajar de los biólogos marinos. El programa Govocitos está creado para detectar y calcular automáticamente la fecundidad de los peces, con lo que los científicos podrán conocer de una forma "rápida y precisa" el potencial reproductivo de las diferentes especies que poblan los mares. Una de las principales ventajas, según señala la coordinadora del proyecto, Rosario Domínguez Petit, es que reduce a la mitad el tiempo empleado hasta ahora para este tipo de estudios, además de que "permite ver el desarrollo de los huevos y es más precisa".

Domínguez (bióloga sevillana de 36 años), del Grupo de Ecología Pesquera del IIM, explicó que la herramienta, totalmente gratuita, ha ofrecido un 80% de éxito en las pruebas realizadas en el centro de Bouzas con faneca, merluza, pargo rayado y linterna oscura. "Sin embargo, Govocitos también tiene un módulo de entrenamiento para ser aplicado a otras especies y también a otras disciplinas que utilicen este sistema", concretó. Para ello, una persona con experiencia tiene que clasificar los óvulos de la nueva especie manualmente y las guarda en el software. "Se amplia el algoritmo de clasificación, que se basa en texturas y colores de las células que van creciendo y cambiando de tamaño", matizó.

El desarrollo del software se inició cuando el CSIC (a través del IIM) comenzó en 2008 el proyecto Desarrollo e implementación de nuevas tecnologías y protocolos en el estudio de la ecología reproductiva pesquera. Contando con la colaboración del Laboratorio de Informática Aplicada (Universidad de Vigo) y el Centro Singular de Investigación en Tecnologías de la Información (Universidad de Santiago de Compostela), no fue hasta el 2013 cuando se creó la versión final de la herramienta. "Sin embargo, para su uso y distribución ha sido necesario desarrollar un sistema descargable, que incluye una máquina virtual con las bases de datos necesarias para que Govocitos sea operacional", indicó Domínguez Petit.

Evolución y funcionamiento

"Antes para hacer este trabajo teníamos una imagen en 2D en la que calculabas el número de partículas que hay y la superficie que ocupan y los traspolas a un volumen. Manualmente se iba seleccionando cada una de las células", explicó Domínguez. La investigadora afirma que este trabajo podría llevar unos 20 minutos. Gracias a este software, además de ganar en precisión al ser algo automático, el experto reduce el tiempo de espera a la mitad. "Además, se puede trabajar en línea, lo que permite compartir imágenes y resultados entre diferentes investigadores", señaló.

La bióloga, que ya utiliza Govocitos en su grupo de trabajo, explicó además que el funcionamiento del programa ("aunque el técnico no tenga mucha experiencia no tendría mucho trabajo qué hacer", dice) es "fácil y eficaz". "Funciona a partir de imágenes histológicas digitales de ovarios de peces. El programa analiza la imagen y detecta, clasifica, cuantifica, y mide automáticamente los ovocitos por estado de desarrollo ofreciendo, además, una estimación de la fecundidad de la especie basada en el método estereológico, que puede ser exportada a una base de datos centralizada o a una hoja de cálculo", concretó.

Preguntada por si existe un software como este en el mercado, la bióloga es clara: "Igual a éste no, pero sí hay otros medidores comerciales de método estereológico pero son muy caros. Pueden costar unos 6.000 euros al año".

Aceptación

La bióloga del IIM avanzó además que, desde la primera presentación oficial en la Conferencia Final de la Acción Cost Fresh, "han sido muchos los investigadores de todo el mundo que se han interesado en el programa". "Pero esperamos no quedarnos ahí, pues la estereología es una técnica muy utilizada en minería y medicina, así que quién sabe hasta dónde podría llegar Govocitos en un futuro próximo", apuntan desde el CSIC.

En este sentido, el departamento de la USC que participó en el proyecto ya está estudiando el uso de "clasificadores ordinales" que utilizan una secuencia continua conocida y preestablecida, como es el desarrollo de los ovocitos, para establecer las probabilidades de que un ovocito esté en un estado u otro de madurez. "Con este método hemos alcanzado un 95% de éxito y esperamos poder incorporarlo a Govocitos en breve", avanzó Domínguez.

Compartir en Twitter
Compartir en Facebook
Enlaces recomendados: Premios Cine