El Ministerio de Sanidad y las comunidades autónomas han empezado a consensuar los protocolos para el traslado y aislamiento de pacientes sospechosos de padecer ébola a partir de las medidas de seguridad establecidas por el Gobierno y la OMS. Hasta el momento, se han registrado dos casos, en País Vasco y Comunidad Valenciana, que finalmente fueron descartados.

Los gobiernos autonómicos de ambas comunidades han fijado dos centros de referencia en diferentes provincias para derivar a los posibles afectados y realizar el correspondiente estudio epidemiológico. En el País Vasco, los hospitales elegidos son los de Basurto y Donostia, mientras que en la Comunidad Valenciana el control corresponde a San Joan de Alicante y La Fe de Valencia.