No es secreto que Garzón tiene muchos enemigos. Incordió los últimos años de vejez e impunidad del dictador chileno Augusto Pinochet por muerte y tortura de ciudadanos españoles y crímenes contra la humanidad; desarticuló a las familias narcotraficantes Oubiña y Charlines. Fue muy activo en los 2000 contra organizaciones independentistas vascas. Este juez que se exhibe y se inhibe, conferenciante de alto caché, cazador en tantas partidas, tiene enemigos en el PP y en el PSOE y, por supuesto, entre sus compañeros, los jueces. El héroe es tan grande como sus enemigos. Estos son sus querellantes:
Por las investigaciones sobre las desapariciones de la guerra civil y la posguerra, el Colectivo de Funcionarios Públicos Manos Limpias, o Sindicato Manos Limpias, fundado en 1995, considerado ultraderechista ya que su líder es Miguel Bernard, muy vinculado en tiempos a Blas Piñar. Se les suma Falange Española de las JONS.
En 2008, Garzón inició las investigaciones para hacer un censo de fusilados, desaparecidos y enterrados en fosas comunes a partir del 18 de julio de 1936. Se declaró competente para investigar las desapariciones de la guerra civil y de los primeros años del franquismo, instruyó la apertura de diecinueve fosas comunes y, después de pedir el certificado de defunción de Franco, alegó que ya no hay responsables vivos contra los que dirigir la acción penal y se inhibió en favor de los juzgados provinciales donde haya fosas comunes con desaparecidos. Manos Limpias sostiene que Garzón abrió el expediente a conciencia de no ser competente y los incoó sabiendo que los archivaría y el Tribunal Supremo admitió a trámite la querella.
Por relaciones interesadas con Botín. Garzón rechazó, hace cuatro años, una querella del ex consejero de Banesto Rafael Pérez Escolar contra Emilio Botín, presidente del Banco Santander. Pérez Escolar había sido condenado a diez años de prisión por estafa y apropiación de casi cinco millones de euros en Banesto, entidad presidida por Mario Conde, que acabó en manos del Santander. Por su edad, no llegó a cumplir dos meses en prisión. Pérez Escolar murió en 2007, a los 80 años, después de haber interpuesto más de treinta pleitos contra Emilio Botín. El abogado Antonio Panea toma el relevo, tratando de vincular el archivo por Garzón de una querella contra Botín con el patrocinio que hizo el Banco Santander de unos cursos académicos del juez en Nueva York entre 2005 y 2006. Aunque esto fue investigado, la causa fue archivada por inexistencia de delito. Ahora se aporta que, supuestamente, Garzón solicitó personalmente a Botín el patrocinio.
Por escuchas dudosas sobre el "caso Gürtel". José Luis Ulibarri, empresario leonés, constructor y propietario de televisiones locales, ha sido relacionado con la trama del "caso Gürtel" de dádivas y sobornos a altos cargos del PP para conseguir contratos de la administración. Es el caso en el que se encuentran implicados el antiguo administrador del PP Luis Bárcenas, y el presidente de la Comunidad Valenciana, Francisco Camps, y tiene ramificaciones complejas en Madrid y en Galicia. Ulibarri no entró en prisión pero su abogado, Ignacio Peláez, visitó a varios de los implicados en centros penitenciarios para preparar la defensa del constructor y sus conversaciones fueron grabadas por orden de Garzón, que esperaba encontrar en ellas pruebas de blanqueo de dinero. El Supremo acepta que Garzón pudo haber incurrido en prevaricación y vulneración de la intimidad al hacerlo.
Este es el caso en el que hay más intereses. Unas pruebas contaminadas en la instrucción pueden dar al traste con una indignante trama de corrupción como sucedió en el "caso Naseiro", al poco de la llegada de Aznar a la presidencia del PP (1989). Un juez instructor de Valencia dictó auto de procesamiento contra varios populares, entre ellos el diputado José Luis Sanchís y el administrador, Rosendo Naseiro. La irregularidad en la instrucción del sumario fue que las escuchas telefónicas se habían ordenado para investigar un caso de narcotráfico y lo que se encontraron fue un presunto delito de financiación ilegal que no gozaba de supervisión judicial.
La situación de la justicia española, politizada en sus altos tribunales por el reparto entre magistrados designados por el PSOE y el PP y las dificultades de renovación desde los tiempos de Aznar, está haciendo que se busque el pedigrí de cada juez de los que ponen en peligro la carrera de Garzón, al que sólo defiende la Fiscalía (dependiente del Gobierno) y que con las escuchas en la cárcel ha irritado a los abogados de Madrid, cuyo colegio ha anunciado una querella. Según el decano, Antonio Hernández-Gil, es la primera vez en cuatrocientos años que el colegio hace tal cosa
Baltasar Garzón, nacido en Torres, un pueblo de Jaén en 1955, que trabajó de albañil y camarero para pagase la carrera, que sacó la oposición a juez sin demasiado brillo académico y que supo ganar su estrellato con audacia arrastra su fugaz paso por la política presentado como candidato independiente por Felipe González en la campaña electoral de 1992 cuando el entonces presidente del gobierno prometía el saneamiento en la administración socialista, tocada de corrupción. Aunque aspiró a ministro, sólo llegó a ser número dos de Interior y jefe del Plan nacional contra las Drogas. Abandonó el gobierno cuando Juan Alberto Belloch fusionó los ministerios de Justicia e Interior y, de regreso a la carrera, se arremangó desde la Audiencia Nacional para investigar al ex ministro del Interior, José Barrionuevo, de los primeros años del gobierno socialista, y sus relaciones con los Grupos Antiterroristas de Liberación (GAL) que hicieron la guerra sucia contra ETA. Para los socialistas, Garzón tuvo más que ver con la derrota de Felipe González en 1996 que con su victoria de 1993.
A Garzón no le faltan enemigos. Incluido Osama Bin Laden, contra el que dictó orden de arresto.
